方剂的分类，历代不一。有以病证分类，有以病因分类，有以脏腑分类，有以组成分类，有以治法(功能)分类。
以病证分类的首推《五十二病方》，该书记载了52类疾病，医方283首，涉及内、外、妇、儿、五官等科。但组成简单，用量粗略，部分病名、药名已无从查考，现已不具有临床指导意义。汉·张仲景的《伤寒杂病论》，唐·王焘的《外台秘要》，宋代的《太平圣惠方》，明代的《普济方》，清代《张氏医通》、《兰台轨范》等，都是按病证分类方剂的代表作。这种分类方法，便于临床以病索方。
脏腑分类亦系病证分类之属，只是首列脏腑，下分病证。如唐·孙思邈的《备急千金要方》，清代巨著《古今图书集成医部全录》中的“脏腑身形”等。病因分类亦属病证分类，是以病因为纲，分列诸证。如宋·陈言的《三因极一病证方论》，清·张璐的《张氏医通》都有此项分类。
以组成分类的上可追溯至《内经》，《素问·至真要大论》有：“君一臣二，制之小也；群一臣三佐五，制之中也；君一臣三佐九，制之大也。……君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也。”补上治上，制以缓；补下治下，制以急；急则气味厚，缓则气味薄。“以及奇之不去则偶之，是谓重方“等。至金代成无己在《伤寒明理药方论·序》中说：“制方之用，大、小、缓、急、奇、偶、复七方是也。”这才明确提出“七方”的名称，并将《内经》的“重”改为“复”。于是后人引伸为“七方”是最早的方剂分类法，但迄今仍未见到按此类的方书。“七方”的实质，是以病邪的轻重，病位的上下，病势的缓急，病体的强弱作为制方的依据。所谓大方，是指药味多或用量大，以治邪气方盛所需的重剂；小方是指药味少或用量小，以治病浅邪微的轻剂；缓方是指药性缓和，以治病势缓慢需长期服用的方剂；急方是指药性峻猛，以治病势急重急于取效的方剂；奇方是指由单数药味组成的方剂；偶方是指由双数药味组成的方剂；复方则是两方或数方组合的方剂。
确切以组成分类的当首推明·施沛的《祖剂》。该书"首冠素灵二方，次载伊尹汤液一方以为宗，而后悉以仲景之方为祖，其《局方》二陈、四物、四君子等汤以类附焉。"共载历代名方800余首，其中主方75首，附方700余首。清代张璐在《张氏医通》中，除按病因、病证列方外，另编一卷"祖方"，选古方36首为主，附衍化方391首。这种分类方法对类方的研究较为有益，但不能推原所自，始末不清，例如以宋代《局方》的二陈汤为祖方，而将唐代《千金方》的温胆汤反作附方。
以病证分类的首推《五十二病方》，该书记载了52类疾病，医方283首，涉及内、外、妇、儿、五官等科。但组成简单，用量粗略，部分病名、药名已无从查考，现已不具有临床指导意义。汉·张仲景的《伤寒杂病论》，唐·王焘的《外台秘要》，宋代的《太平圣惠方》，明代的《普济方》，清代《张氏医通》、《兰台轨范》等，都是按病证分类方剂的代表作。这种分类方法，便于临床以病索方。
脏腑分类亦系病证分类之属，只是首列脏腑，下分病证。如唐·孙思邈的《备急千金要方》，清代巨著《古今图书集成医部全录》中的“脏腑身形”等。病因分类亦属病证分类，是以病因为纲，分列诸证。如宋·陈言的《三因极一病证方论》，清·张璐的《张氏医通》都有此项分类。
以组成分类的上可追溯至《内经》，《素问·至真要大论》有：“君一臣二，制之小也；群一臣三佐五，制之中也；君一臣三佐九，制之大也。……君一臣二，奇之制也；君二臣四，偶之制也；君二臣三，奇之制也；君二臣六，偶之制也。”补上治上，制以缓；补下治下，制以急；急则气味厚，缓则气味薄。“以及奇之不去则偶之，是谓重方“等。至金代成无己在《伤寒明理药方论·序》中说：“制方之用，大、小、缓、急、奇、偶、复七方是也。”这才明确提出“七方”的名称，并将《内经》的“重”改为“复”。于是后人引伸为“七方”是最早的方剂分类法，但迄今仍未见到按此类的方书。“七方”的实质，是以病邪的轻重，病位的上下，病势的缓急，病体的强弱作为制方的依据。所谓大方，是指药味多或用量大，以治邪气方盛所需的重剂；小方是指药味少或用量小，以治病浅邪微的轻剂；缓方是指药性缓和，以治病势缓慢需长期服用的方剂；急方是指药性峻猛，以治病势急重急于取效的方剂；奇方是指由单数药味组成的方剂；偶方是指由双数药味组成的方剂；复方则是两方或数方组合的方剂。
确切以组成分类的当首推明·施沛的《祖剂》。该书"首冠素灵二方，次载伊尹汤液一方以为宗，而后悉以仲景之方为祖，其《局方》二陈、四物、四君子等汤以类附焉。"共载历代名方800余首，其中主方75首，附方700余首。清代张璐在《张氏医通》中，除按病因、病证列方外，另编一卷"祖方"，选古方36首为主，附衍化方391首。这种分类方法对类方的研究较为有益，但不能推原所自，始末不清，例如以宋代《局方》的二陈汤为祖方，而将唐代《千金方》的温胆汤反作附方。