中西医之间由论争发展到激烈对抗，主要是在民国时期，民国元年(1912年)学制改新，北洋政府屏中医于学制之外，由此引发了中医界首次的抗争请愿活动。国民政府奠都南京后，废止中医论者得到当局的支持，废止中医活动愈演愈烈。1928年全日教育会议上，汪企张首次提出废止中医案，未获通过。翌年中央卫生委员会议上，由余云岫提出的废止中医案获得通过，成为民国时期大规模中医抗争运动的导火线。其后为设立中央国医馆，颁布《中医条例》都引起中西医双方激烈的斗争，直至抗战爆发才告一段落。

一、北洋政论时期争取中医教育合法化的请愿

     1918年7月，北洋政府举行教育会谈，参照日本学制，制订了《王子癸丑学制》。1912年11月北洋政府教育部颁布了《医学专门学校规程》。1913年1月，北洋政府教育部公布了《大学规程》医学、药学两门，完全没有中医药学方面的规定，这就是民元的所谓教育系统“漏列”中医事件。

     首次请愿活动，北洋政府教育部颁布法规后，引起了中医界的警觉，有识之士纷纷谴责。首先提出抗议的是上海神州医药总合会长余伯陶(德埙)等人，该会还联合了其它省市的中医药同业组织“医药救亡请愿团”。至1813年10月已有19个省市的医学团体响应此举，并派代表参加。当时推举的代表晋京请愿。

二、国民政府时期的中医抗争运动

     1929年2月23—26日 ......