从现代系统科学角度看，中医学是一门较为成熟的科学体系，它所具有的理论构架、思维方式、逻辑推演、描述方法、表达符号、数学公式、运算技巧等，均与现代科学体系有所区别。
由于中医药学基础理论与现代自然科学基础理论之间广泛地存在着系统同型性，深入系统地研究这些同型性，正是中医学基础理论现代研究的特色方法，它具有原创性和惟一性的基本性质，属于源头创新。其原创性表现在这种方法为21世纪生命科学的创新发展提供了一个能够在深度和广度、时间和空间、宏观和微观等方面不断扩展和延伸的基础，从根本上打破了“绝对时间”和“时空分离”的思维定式，首次提出并解决了时间和空间、宏观和微观的统一问题，从而成为21世纪科技创新的源头；其惟一性表现在研究这种系统同型性的思想和方法，在以往古今中外的科学文献中从未有人提出或实践过。它从实践中来，上升到理论，又对以后的实践进行指导，并在实践中得到验证。
运用开放复杂巨系统的理论与方法研究中医药基础理论，从系统运动变化的能观、能控、能达的动态观点入手，对中医基础理论的基本问题进行现代科学的分析研究；从分子生物学、量子生物学、磁共振物理学与现代基因技术等多学科发展前沿的高新水准重新审视和思考中医药理论与实践；以中医药学本身特色为主体，在继承的基础上不断创新 ......
由于中医药学基础理论与现代自然科学基础理论之间广泛地存在着系统同型性，深入系统地研究这些同型性，正是中医学基础理论现代研究的特色方法，它具有原创性和惟一性的基本性质，属于源头创新。其原创性表现在这种方法为21世纪生命科学的创新发展提供了一个能够在深度和广度、时间和空间、宏观和微观等方面不断扩展和延伸的基础，从根本上打破了“绝对时间”和“时空分离”的思维定式，首次提出并解决了时间和空间、宏观和微观的统一问题，从而成为21世纪科技创新的源头；其惟一性表现在研究这种系统同型性的思想和方法，在以往古今中外的科学文献中从未有人提出或实践过。它从实践中来，上升到理论，又对以后的实践进行指导，并在实践中得到验证。
运用开放复杂巨系统的理论与方法研究中医药基础理论，从系统运动变化的能观、能控、能达的动态观点入手，对中医基础理论的基本问题进行现代科学的分析研究；从分子生物学、量子生物学、磁共振物理学与现代基因技术等多学科发展前沿的高新水准重新审视和思考中医药理论与实践；以中医药学本身特色为主体，在继承的基础上不断创新 ......