变形杆菌基因分型方法的评价

    贾 宁1

    , 林茂虎2

    , 陈世平1

    , 索继江1

    , 邢玉斌1

    , 江朝光1

    (1. 解放军总医院, 北京 100853; 2. 解放军第304 医院, 北京 100037)

    摘要: 目的 筛选出适用于变形杆菌的最佳分型方法。方法 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增多态DNA

    (RA PD)、重复元件序列PCR (Rep2 PCR)和肠杆菌基因间重复共有序列PCR (ER IC2 PCR) 4 种方法对 44 株变形

    杆菌进行基因分型。 结果 RA PD可分为17型, 分辨率系数为0. 932; Rep 2PCR可分为15型, 分辨率系数为

    0. 916; ER IC2 PCR 可分为 23 型, 分辨率系数为 0. 941; PFGE 可分为 36 型, 分辨率系数为 0. 988。结论 PFGE、RA PD、 Rep 2PCR和ER IC 2PCR 4种基因分型方法对变形杆菌进行分型, 其分型力和分辨力均很好(均D I>

    0. 90) , 其中PFGE 分辨力最高, 重复性好, 但实验费用高, 时间长, 对大规模广泛应用有局限性; Rep2 PCR 和ER2

    IC2 PCR 分辨率虽略底于RA PD, 但重复性好, 结果稳定, 可广泛应用于多种菌属, 不需要重复设计引物, 易于实现

    标准化。

    关键词: 变形杆菌; 基因分型; PCR

    中图分类号: R378. 2 文献标识码: A 文章编号: 100524529 (2002) 0920652203

    The Eva lua t ion of Four Genotyp ingM ethods for P roteus spp

    J IA N ing

    1

    , L IN M ao2 hu

    2

    , CHEN Sh i2 p ing

    1

    , SUO J i2jiang

    1

    , X IN G Yu2 b in

    1

    , J IAN G Chao2 guang

    1

    (1. Genera l H osp ita l of PL A , B eij ing 100853, Ch ina;

    2. T he 304th H osp ita l of PL A , B eij ing 100037, Ch ina)

    Abstract : OBJECTIVE To f ind the best geno typ ing method fo r P roteus spp. METHODS Fo r ty four iso lates of

    P roteus spp w ere geno typed by PFGE, RA PD, Rep2 PCR and ER IC2 PCR. RESULTSA ll iso lates w ere typed by

    RA PD w ith 17 sub2types and the discr im inato ry pow er w as 0. 932; by Rep2 PCR w ith 15 and 0. 916; by ER IC2

    PCR w ith 23 and 0. 941; by PFGE w ith 36 and 0. 988, respect ively . CONCLUSIONSA ll four geno typ ing meth2

    ods of PFGE, RA PD, Rep2 PCR and ER IC2 PCR show ed h igh typeability and discr im inato ry pow er (D I> 0. 90

    all). PFGE w as a method w ith the h ighest discr im inato ry pow er and rep roducibility, but no t suitable fo r large2

    scale screening due to its disadvantages of h igh co st and t ime2 consum ing . Rep2 PCR and ER IC2 PCR w ere relat ive2

    ly mo re useful than PFGE and RA PD fo r its stable rep roducibility, w idely use in several bacter ium genus, easy

    to imp lement, low co st and t ime2saving, although its discr im inato ry rate w as lit t le less than PFGE and RA PD.

    Key words : P roteus spp; Geno type; PCR

    20 世纪 90 年代以来, 基因分型方法已广泛应

    用于鉴别感染流行、鉴定交叉感染、确定感染来源、识别特殊毒力株, 是控制医院感染暴发和流行的基

    础。相对于表型分型方法, 基因分型方法多态性标志

    多, 且不易受外界环境及菌株表型变异的影响, 近年

    来研究发展非常迅速。但不同的基因分型方法研究

    细菌基因的着眼点不同, 各有其优缺点; 同一方法并

    不一定适用于所有的菌属, 因而有必要筛选出某一

    菌属的最佳分型方法, 为建立细菌分子生物学数据

    库积累资料。本文选用了 PFGE、 RA PD、 Rep 2 PCR

    和ER IC2 PCR 4 种方法对 44 株变形杆菌进行了基

    因分型, 报告如下。

    收稿日期: 2002203225 ; 修订日期: 2002205209

    基金项目: 自然科学基金资助项目 39970629

    1 材料与方法

    1 . 1 菌株 1998 年 8 月～ 1999 年 12 月收集解放

    军总医院和304 医院临床分离的44 株变形杆菌, 以

    肠杆菌科细菌常规鉴定方法鉴定 ......