多重耐药临床菌株中整合子结构的检测与分析
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石磊 陈洵 肖增璜
整合子；,整合酶；,细菌耐药；,临床分离株,,整合子；,整合酶；,细菌耐药；,临床分离株,1材料和方法,2结果,3讨论,参考文献
参见附件(17kb)。
摘要： 目的 研究广州暨南大学附属第一医院2004年部分临床菌株样本的整合子及其基因盒的分布特性。方法 多重PCR检测与细菌耐药关系密切的1、2、3类整合酶基因，进一步对阳性样本可变区的基因盒序列鉴定分析。结果 随机抽取109株临床菌株，整合酶阳性检出率为972%(106/109)，其中1类整合酶阳性菌100株(917%)，2类整合酶阳性菌1株(092%)，此外有5株(46%)同时检出1、2类整合酶，没有检测到3类整合酶；基因盒鉴定结果显示，插入基因盒以dfrA(甲氧苄氨嘧啶耐药相关)和aadA(氨基糖苷类耐药相关)基因家族为主，也在少数菌株中发现了aacA4、cmlA1、catB3以及sat1基因盒。其中又以dfrA12、orfF和aadA2组合最为常见，耐药基因盒PCR扩增片段为1913bp(646%)；此外，还发现了同时存在两种整合子结构的菌株。结论 整合子普遍存在于临床菌株中，可通过基因水平转移在不同菌属间传播，提示各医药单位必须加强耐药监测及合理选择抗菌药物，以减少多重耐药细菌的发生和发展。
关键词： 整合子； 整合酶； 细菌耐药； 临床分离株
Detection and characterization of integron structure in clinical bacteria isolates
Shi Lei, Chen Xun and Xiao Zenghuang
(School of Light Chemistry and Food Science, South China University of Technology, Guangzhou 510640;School of Biological Science and Engineering, South China University of Technology, Guangzhou 510640;First Affiliated Hospital of Medical College, Jinan University, Guangzhou 510630)
ABSTRACT Objective To investigate the distribution, characterization and relativity between multiresistance and integrons. Methods In this study, the presence and genetic content of 3 classes integrons among 109 clinical strains were examined by multiple PCR and sequencing. Restricted enzymefragment length polymorphisms (RFLP) was also used for the homology of the gene cassettes. Results intI1 was detected in 917% of the isolates; intI2 was detected in 1 (092%) isolates, both intI1 and intI2 were detected in other 5 (46%) isolates and no intI3 was detected. Twelve different genes, including 10 genes respondible for antibiotic resistance and 2 unknown genes, were detected. The genes most commonly found in integrons were those for aminoglycoside (aadA) and trimethoprim (dfr) resistance. Bacteria contain more than one integron were also found in this study. Conclusion Resistance mediated by integron was extensively existed in clinical isolates of both Gramnegative and Grampositive bacteria. It seems that the integrons are more widely existed than we expected. It implied the necessary for surveillance horizontal transference of antibiotic resistance gene(s) among bacteria genus.
KEY WORDS Integron; Integrase; Antibiotic resistance of bacteria; Clinical isolates
抗生素的发现与应用，使人类成功治愈了许多感染性疾病，是人类医疗发展史的里程碑。然而，随着抗生素的广泛使用(包括医疗、畜牧、养殖业)及不恰当使用，细菌耐药性问题正日趋严重。微生物群落特别是病源微生物，面临强大的抗生素选择压力，演化出许多不同的耐药机制。已有报道，耐药基因可通过各种基因元件的水平转移在微生物群落间传播，包括质粒、转座子和噬菌体等可自主转移的元件都可以作为耐药基因传播的载体[1]。目前已经证实整合子元件能介导耐药基因在不同菌群间有效的传播[2]。整合子为自然界存在的具有捕获、整合以及表达基因盒能力的基因表达系统。典型的整合子结构包括了5′端保守序列(5′CS)和3′端保守序列(3′CS)以及中间的可变区，整合酶基因(intI)、启动子及整合位点(attI)位于5′CS，基因盒整合于attI下游；3′CS则因整合子类型不同而异。基因盒通常不含有启动子，其表达依赖位于整合子5′保守区域的启动子，在启动子的作用下耐药基因得以表达[2]。目前已发现的整合子结构中，第1、2和3类整合子的研究最为普遍和详细，并已证实与细菌的耐药性有关[3]。其中最常见的是第1类整合子，在临床检测中具有重要意义，它可以通过首尾相接的方式整合一个或多个耐药基因盒，形成多重耐药，对人们的健康形成严重威胁[4]。因此对整合子的分布情况进行监测是十分必要的。一般认为整合子广泛的存在于革兰阴性菌中，并介导其产生耐药性。近来越来越多的研究却表明，整合子在介导革兰阳性菌多重耐药中也起着重要的作用[5，6]。为此本实验对109株随机临床菌株样本进行整合子分布的检测，并进一步对其携带的基因盒作了分析与鉴定。
1 材料和方法
1.1 菌株本实验所用菌株分离自2004年暨南大学附属第一医院住院患者临床标本 ......
摘要： 目的 研究广州暨南大学附属第一医院2004年部分临床菌株样本的整合子及其基因盒的分布特性。方法 多重PCR检测与细菌耐药关系密切的1、2、3类整合酶基因，进一步对阳性样本可变区的基因盒序列鉴定分析。结果 随机抽取109株临床菌株，整合酶阳性检出率为972%(106/109)，其中1类整合酶阳性菌100株(917%)，2类整合酶阳性菌1株(092%)，此外有5株(46%)同时检出1、2类整合酶，没有检测到3类整合酶；基因盒鉴定结果显示，插入基因盒以dfrA(甲氧苄氨嘧啶耐药相关)和aadA(氨基糖苷类耐药相关)基因家族为主，也在少数菌株中发现了aacA4、cmlA1、catB3以及sat1基因盒。其中又以dfrA12、orfF和aadA2组合最为常见，耐药基因盒PCR扩增片段为1913bp(646%)；此外，还发现了同时存在两种整合子结构的菌株。结论 整合子普遍存在于临床菌株中，可通过基因水平转移在不同菌属间传播，提示各医药单位必须加强耐药监测及合理选择抗菌药物，以减少多重耐药细菌的发生和发展。
关键词： 整合子； 整合酶； 细菌耐药； 临床分离株
Detection and characterization of integron structure in clinical bacteria isolates
Shi Lei, Chen Xun and Xiao Zenghuang
(School of Light Chemistry and Food Science, South China University of Technology, Guangzhou 510640;School of Biological Science and Engineering, South China University of Technology, Guangzhou 510640;First Affiliated Hospital of Medical College, Jinan University, Guangzhou 510630)
ABSTRACT Objective To investigate the distribution, characterization and relativity between multiresistance and integrons. Methods In this study, the presence and genetic content of 3 classes integrons among 109 clinical strains were examined by multiple PCR and sequencing. Restricted enzymefragment length polymorphisms (RFLP) was also used for the homology of the gene cassettes. Results intI1 was detected in 917% of the isolates; intI2 was detected in 1 (092%) isolates, both intI1 and intI2 were detected in other 5 (46%) isolates and no intI3 was detected. Twelve different genes, including 10 genes respondible for antibiotic resistance and 2 unknown genes, were detected. The genes most commonly found in integrons were those for aminoglycoside (aadA) and trimethoprim (dfr) resistance. Bacteria contain more than one integron were also found in this study. Conclusion Resistance mediated by integron was extensively existed in clinical isolates of both Gramnegative and Grampositive bacteria. It seems that the integrons are more widely existed than we expected. It implied the necessary for surveillance horizontal transference of antibiotic resistance gene(s) among bacteria genus.
KEY WORDS Integron; Integrase; Antibiotic resistance of bacteria; Clinical isolates
抗生素的发现与应用，使人类成功治愈了许多感染性疾病，是人类医疗发展史的里程碑。然而，随着抗生素的广泛使用(包括医疗、畜牧、养殖业)及不恰当使用，细菌耐药性问题正日趋严重。微生物群落特别是病源微生物，面临强大的抗生素选择压力，演化出许多不同的耐药机制。已有报道，耐药基因可通过各种基因元件的水平转移在微生物群落间传播，包括质粒、转座子和噬菌体等可自主转移的元件都可以作为耐药基因传播的载体[1]。目前已经证实整合子元件能介导耐药基因在不同菌群间有效的传播[2]。整合子为自然界存在的具有捕获、整合以及表达基因盒能力的基因表达系统。典型的整合子结构包括了5′端保守序列(5′CS)和3′端保守序列(3′CS)以及中间的可变区，整合酶基因(intI)、启动子及整合位点(attI)位于5′CS，基因盒整合于attI下游；3′CS则因整合子类型不同而异。基因盒通常不含有启动子，其表达依赖位于整合子5′保守区域的启动子，在启动子的作用下耐药基因得以表达[2]。目前已发现的整合子结构中，第1、2和3类整合子的研究最为普遍和详细，并已证实与细菌的耐药性有关[3]。其中最常见的是第1类整合子，在临床检测中具有重要意义，它可以通过首尾相接的方式整合一个或多个耐药基因盒，形成多重耐药，对人们的健康形成严重威胁[4]。因此对整合子的分布情况进行监测是十分必要的。一般认为整合子广泛的存在于革兰阴性菌中，并介导其产生耐药性。近来越来越多的研究却表明，整合子在介导革兰阳性菌多重耐药中也起着重要的作用[5，6]。为此本实验对109株随机临床菌株样本进行整合子分布的检测，并进一步对其携带的基因盒作了分析与鉴定。
1 材料和方法
1.1 菌株本实验所用菌株分离自2004年暨南大学附属第一医院住院患者临床标本 ......
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