厚朴叶质量双分子评价候选基因的筛选(2)

http://www.100md.com 2016年2月15日 中国中药杂志2016年第4期

     利用Trizol分别提取厚朴、凹叶厚朴叶片的总RNA^[6]，依次利用琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染；Nanodrop 2000检测RNA的纯度(A260/280)；Qubit对RNA浓度进行精确定量；Agilent 2100精确检测RNA的完整性。

    1.3 转录组文库构建及上机测序

    由北京诺禾致源生物信息科技有限公司完成。

    1.4 转录组生物信息学分析

    测序数据经过过滤，共获得6.01G数据；采用Trinity软件^[7]对过滤后的数据进行拼接；分别利用七大数据库(Nr，Nt，Pfam，KOG/COG，Swiss-prot，KEGG，GO)对UniGene序列进行了的基因功能注释。

    将 Trinity拼接得到的转录组作为参考序列，采用了RSEM软件^[8]将每个样品的clean reads往ref上做mapping ......