川贝母转录组密码子使用偏好性分析(2)
本研究从已完成川贝母转录组测序数据中[7]，提取全长编码序列(coding sequence，CDS)，解析川贝母转录组的密码子组成，探讨川贝母的密码子使用偏好性。同时，本研究还对可能参与生物碱生物合成途径的11个关键酶编码基因和15个全长CYP450基因进行分析，比较这些基因密码子使用偏好性与大肠杆菌和酵母基因组的密码子偏好性的差异，以期为川贝母生物碱合成关键酶基因的表达选择适合的表达系统，也为优化和改造外源基因密码子提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 数据来源
川贝母转录组数据为课题组前期工作获得[7](SRX213388)。实验材料为川贝母新鲜鳞茎，采自四川省康定县。使用百泰克植物通用RNA提取试剂盒提取总RNA，采用TURBO RNase free DNase Kit对提取总RNA进行消化，去除样品中DNA，采用改良的SMART方法将纯化后的RNA反转录合成cDNA，并使用454 GS FLX系统测序。
1.2 数据分析
1.2.1 全长CDS筛选和关键酶基因筛选 使用Newbler 2.6软件对序列进行过滤及拼接 ......
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1 材料与方法
1.1 数据来源
川贝母转录组数据为课题组前期工作获得[7](SRX213388)。实验材料为川贝母新鲜鳞茎，采自四川省康定县。使用百泰克植物通用RNA提取试剂盒提取总RNA，采用TURBO RNase free DNase Kit对提取总RNA进行消化，去除样品中DNA，采用改良的SMART方法将纯化后的RNA反转录合成cDNA，并使用454 GS FLX系统测序。
1.2 数据分析
1.2.1 全长CDS筛选和关键酶基因筛选 使用Newbler 2.6软件对序列进行过滤及拼接 ......
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