现代医学研究表明，并不是精子和卵子结合的那一刻决定胎儿的性别，实际上，早期胚胎有发展成为男性或女性内部器官的潜能。在怀孕七周以后，如果没有胎儿雄性激素的分泌，即使是性染色体为XY的个体也不能发展为正常的男性，而且，这个时候的雄性激素还决定了胎儿的男性性别认同，如果不足的话，就会产生女性性别认同[12]。有一些研究提供了这方面的例证，在犹太教的割礼传统中，有的在实施过程中出现了事故，导致一些男孩的阴茎缺失。其后父母给他们做了性别转换手术和女性性激素治疗，并把他们当作女孩来抚养。但在其后的追踪中，发现他们中大部分还是表现出典型的男性特征。所以，研究者戴尔孟德认为，性别认同可能在相当大程度在子宫中被决定了。哥伦比亚大学的医学专家黎各托也认为，性别认同倾向在怀孕的前三个月之内形成，尽管直到几年以后孩子才会用语言来表达他们的性别认同，他给出了一个形象的说法：“当大脑暴露于睾酮中并被男性化后，再对这个个体说‘你是个女孩’是完全没用的”[13]。 加州大学洛杉矶分校医学院的遗传学教授Eric Vilian博士认为性别认同根植于基因，他说道：“性别认同在出生前就已经根植于每个人的生物学特性中了，它起源于个体基因组的差异。”[14]

    不过，对雌雄同体的研究说明生理因素仅是影响性别认同的一个因素。所谓的雌雄同体是有睾丸或卵巢，但不是同时具备，他们的性腺和他们的染色体性别是一致的。尽管如此，因为出生前的激素问题，他们的外生殖器和内部生殖系统(有时候)是矛盾的，或者外部生殖器更类似于另一种性别。汉斯和她的同事比较了22个只有单个X染色体结构的完全雄性激素不敏感综合症患者与22个拥有正常的双X染色体结构的女孩，发现在自尊、总体心理健康、性别认同、性取向、性别类型行为模式、婚姻状况、人格特质等方面，完全雄性激素不敏感综合症患者和对照组之间并没有差异 ......