化，可据此判断粒子的质量和特性。目前常用的质谱仪有气相色谱-质谱仪(GC-MS)：液质联用质谱仪(LC-MS)；电喷雾电离串联质谱仪(ESI-MS-MS)；液相色谱-电喷雾离子化质谱仪(LC-ESI-MS)；基质辅助的激光解吸飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS)等。其中MALDI-TOF-MS和ESI-MS-MS是简单高效且灵敏的方法，是目前蛋白质组学研究中应用最广泛的生物质谱仪。

    3.4.3.1肽质量指纹图谱法鉴定蛋白质在蛋白质数据库中检索实验获得的肽质量指纹图谱，根据肽段匹配率和蛋白质序列覆盖率寻找具有相似肽指纹图谱(PMF)的蛋白质，就可以初步完成蛋白质鉴定。

    当前测定蛋白质的肽质量指纹图谱，常用的质谱仪为MALDI-TOF-MS，精度可达0.1个质量单位，灵敏度可以达到分解亚皮摩尔量的蛋白质，并且分析时间极短，适于蛋白质的高通量鉴定。

    3.4.3.2质谱测肽序列信息鉴定蛋白质为进一步鉴定蛋白质，可将液相中的肽段经电喷雾电离后进入串联质谱，肽链中的肽键断裂，形成N-端和C-端碎片离子系列。根据肽片段的断裂规律综合分析这些碎片离子系列，可得出肽段的氨基酸序列，联合肽片段的相对分子质量和肽段的序列信息 ......