AFM也存在一些局限性。首先,其针尖是锥形的,使用一段时间后会变钝、尖端增宽,导致分辨率下降。在观察标本后针尖会被标本污染,再次使用需要清洗。并且针尖会对生物样本造成损伤。其次,在观察液态标本时,由于表面张力和静电斥力等因素会产生干扰信息,使得分辨率下降。

    在新世纪的医学行程中我们看到，人类面临着疾病的威胁远远不能达到理想的征服水平，还必须向更深一步的微观世界进行探索。纳米科技研究的重要仪器AFM的微观表现和操纵技术将给医学带来变革。对AFM进一步改进的同时我们应该看到：用AFM一旦开展工作，带动一批研究项目，如细胞的一系列分子生物学研究(DNA、膜、离子通道、受休、基因、细胞因子等)，提高医学基础科研水平，为临床发展提供动力和线索:能够解决临床上的一些疑难的疾病诊断和鉴别诊断等问题 ......