正常人肠道中的菌群，主要为厌氧菌，少数为需氧菌，前者约为后者的100倍。存在于肠道的正常菌群为类杆菌﹑乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，尚有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、白色念珠菌等。在正常情况下，这些微生物互相依存，互相制约，维持平衡，保持一定的数量和比例。在人体抵抗力降低的情况下，如瘦弱婴幼儿，年老体弱和患急、慢性疾病者，以及长期、大量使用广谱抗生素、免疫抑制剂、肾上腺皮质激素、抗肿瘤药物和放射治疗者 ......