李时珍指出三焦三部分治的理论，上焦分治之部在膈上，包括心、肺、胸膈；中焦分治之部在大腹，包括脾、散膏及胃；下焦分治之部在脐下，包括肝、肾、膀胱、大小肠、精室、女子胞等。此说实为后世温病上焦心与肺，中焦脾与胃，下焦肝与肾之说的起源——

    李时珍遵从《内经》基本理论，认为三焦是有名有形的一腑，具有输出营卫、布散阳气、下渗水液的功能。他还取《难经》之说，认为三焦相火发源于命门，是三焦主持诸气的原动力。三焦通行三气，历经诸脏腑，以上中下三部分治，以下就三焦与诸脏腑关系分别讨论之。

    三焦与肺

    李时珍说：“盖自飞门至魄门，皆肺主之，三焦相通，一气而已。”(《本草纲目·卷三十六·枳》，下凡引此书文，只注卷数)《难经》原有七冲门之说，自飞门始，历经户门、吸门、贲门、幽门、阑门、魄门，赅括整个消化道之路径，主持纳入、腐化、排出的全过程。《素问·五藏生成篇》说：“诸气皆属于肺”。肺气肃降，有利整个胃肠运动，故曰肺主之。然自飞门至魄门皆属三焦分治之部，故又说三焦相通。况《难经》尝云：“腑有六者，亦与三焦共一气。”即六腑经气原相贯通。三焦分部所赅虽广，其实一气，而肺为之主。因此，枳实能利上焦之气，亦能利下焦之气；枳壳能治下焦之气，亦能理上焦之气。虽然张洁古、李东垣有治高、治下之说，但李时珍认为此“二物分之可也，不分亦无伤”(同上)，理即本此。

    上焦卫气上输于肺，肺主宣发之，若肺失开合，使上焦卫气不得布散，则上焦不通，证见寒热。故《素问·调经论》说：“上焦不通利，则皮肤致密，腠理闭塞，玄府不通，卫气不得泄越，故外热。”李时珍在论述刘河间益元散通治上下表里诸病的机理时指出：“盖甘淡之味，先入于胃，渗走经络，游溢津气，上输于肺，下通膀胱。肺主皮毛，为水之上源，膀胱司津液，气化则能出。故滑石上能发表，下利水道，为荡热燥湿之剂。发表是荡上中之热，利水道是荡中下之热；发表是燥上中之湿 ......