山西地区汉族人群CSF1PO基因座的多态性研究
作者：梁景青 赵芳芳 梁景峰
单位：梁景青(山西医科大学法医系 太原 030001)；赵芳芳(山西省公安厅科技处)；梁景峰(五一百货集团公司医务处)
关键词：重复序列，核酸；CSF1PO基因座；基因频率；多态现象，DNA
山西医科大学学报000201
摘要：用扩增片段长度多态性技术分析短串联重复序列(STR)基因座的DNA多态性，在山西地区汉族人群的CSF1PO基因座中发现7个等位基因，19种基因型，群体调查证实该等位基因按孟德尔遗传规律遗传，观察的基因型分布符合Hardy-Weinberg定律，杂合度为0.75。本研究显示，该基因座灵敏度高，易准确判型，是一较好遗传标记，适用于法医学、人类遗传学及临床医学等研究。
中图分类号：Q755 文献标识码：A
, http://www.100md.com
文章编号：1007-6611(2000)02-0097-02
Study on genetic polymorphism of CSF1PO locus in Shanxi's Han population
Liang Jingqing,Zhao Fangfang,Liang Jingfeng
(Dept. of Forensic Medicine,Shanxi Medical University,Taiyuan 030001)
Abstract:Using amplified fragment length polymorphism the DNA polymorphism of short tandem repeat loci was analysed.The locus was HUMCSF1PO.Seven alleles and 19 genotypes were found in Shanxis population(Han).The observed heterozygosity was 0.75.The study on population demonstrated that the inheritance of the genes was in Mendelian fashion.The distribution of the observed genotypes met Hardy-Weinberg equilibrium.The results show that this locus is measured sensitively and accurately and is a useful marker for the study of forensic medicine or medical genetics and clinical medicine.
, 百拇医药
Key words:repetitive sequences,nucleic acid； CSF1PO locus; gene frequency； polymorphism,DNA
微卫星短串联重复序列(short tandem repeat)又称STR座位[1]，是一类由2～6作为核心序列串联重复形成的DNA序列。它广泛地存在于真核基因组中，主要由核心序列重复次数的变化构成了遗传多态性，人类基因组平均每6～10 kb就有一个STR基因座，为法医个人识别和亲子鉴定提供了高信息基因座的丰富来源。与限制性片段长度多态性产生的DNA指纹相比，用多聚酶链反应技术(PCR)扩增STR基因座产生的DNA谱带灵敏度更高，适用于法医学个人识别和亲权鉴定。本文对其中CSF1PO基因座[2]进行山西地区汉族人群基因频率分布调查，结果表明该座位在山西地区群体中有高度多态性，扩增片段短，扩增效率高，是法医学、群体遗传及临床医学研究的重要DNA遗传标记。
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1 材料与方法
1.1 群体样本 200份EDTA抗凝血液样品。
1.2 DNA提取 血液用蛋白酶K消化，苯酚、氯仿提取。
1.3 扩增反应[3] 于50 μl 扩增体系，PCR缓冲液(含10 mmol/L Tris-HCl，pH9.0，50 mmol/L MgCl2，0.01 g/L白明胶)，0.5UTaq酶，200 μmol/L dNTP，10×Primer 5 μl。模板DNA10 ng。引物为5′-AACCTGAGTCTGCCAAGGACTAGC；5′-TTCCACACACCACTGGCCATCTTC。
热循环参数：95 ℃2 min，随后94 ℃1 min，60 ℃1 min，70 ℃1.5 min，10个循环；再90 ℃1 min，60 ℃1 min，70 ℃1.5 min，20个循环。
, 百拇医药
1.4 电泳分离 扩增产物在T＝6%，C＝5%的聚丙烯酰胺变性胶(含4 mol/L尿素及0.5×TBE缓冲液，pH 8.0)上分离，恒功率25 W，电泳2 h。乙酸固定，硝酸银染色，碳酸钠显色，乙酸停显。
2 结果与讨论
对200例山西汉族人作CSF1PO基因座分型发现了19个基因型，共检出7个等位基因，基因频率分布列表，其中基因型频率最高的为第11号等位基因，最低为第14号等位基因。基因频率分布经χ2检验(ν＝12，χ2＝21，P>0.05)基因型观察值与期望值无显著性差异，符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。CSF1PO基因座位的杂合度(H＝1-∑ni=1P2i)为0.75。结果表明CSF1PO基因座位在山西地区人群中具有高度多态性。表1 山西地区汉族人群CSF1PO基因座频率分布 等位基因
, http://www.100md.com
基因频率
8
0.017 5
9
0.085 0
10
0.250 0
11
0.332 5
12
0.250 0
13
0.057 5
, http://www.100md.com
14
0.007 5
1.000 0
本文研究的CSF1PO基因座位即C-fms原癌基因CSF-1受体，重复单位是4个碱基对长(AGAT)，扩增片段长度在299～323 bp。该基因座位定位于第5号染色体p33.3～34。我们除了获得基因座群体遗传学数据外，还进行了家系调查，结果表明，CSF1PO基因座位子女的等位基因都分别来自父母双方，符合孟得尔遗传规律可作为亲权关系鉴定的标记。
CSF1PO基因座的基因频率分布与欧美人种分布略有差别，与国内其他地区报道的汉族人群基本分布相似[4]，因此对法医学的应用、群体遗传学及临床医学的疾病研究具有相当大的价值
山西省青年基金资助项目
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作者简介： 作者简介：梁景青，女，1958年8月生，本科，副教授
参考文献：
[1] Edwards AL,Civitello A,Hammond HA.DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats[J].Am J Hum Genet,1991,49:748.
[2] Crouse CA,Schumm J.Investigation of species specificity using nine PCR-based human STR systems[J].J Forensic Sci,1995,40:95.
[3] Hammond HA,Li J,Zhong Y.Evaluation of 13 short tandem repeat loci for use in personal identification applications[J].Am J Hum Genet,1994,55:175.
[4] Huang NE,Schumm J,Budowle B.Chinese population data on three tetrameric short tandem repeat loci-HUMTH 01,TPOX and CSF1PO-derived using multiplex PCR and manual typing[J].Forensic Sci Int,1995,71:131.
收稿日期：1999-08-06, http://www.100md.com
单位：梁景青(山西医科大学法医系 太原 030001)；赵芳芳(山西省公安厅科技处)；梁景峰(五一百货集团公司医务处)
关键词：重复序列，核酸；CSF1PO基因座；基因频率；多态现象，DNA
山西医科大学学报000201
摘要：用扩增片段长度多态性技术分析短串联重复序列(STR)基因座的DNA多态性，在山西地区汉族人群的CSF1PO基因座中发现7个等位基因，19种基因型，群体调查证实该等位基因按孟德尔遗传规律遗传，观察的基因型分布符合Hardy-Weinberg定律，杂合度为0.75。本研究显示，该基因座灵敏度高，易准确判型，是一较好遗传标记，适用于法医学、人类遗传学及临床医学等研究。
中图分类号：Q755 文献标识码：A
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文章编号：1007-6611(2000)02-0097-02
Study on genetic polymorphism of CSF1PO locus in Shanxi's Han population
Liang Jingqing,Zhao Fangfang,Liang Jingfeng
(Dept. of Forensic Medicine,Shanxi Medical University,Taiyuan 030001)
Abstract:Using amplified fragment length polymorphism the DNA polymorphism of short tandem repeat loci was analysed.The locus was HUMCSF1PO.Seven alleles and 19 genotypes were found in Shanxis population(Han).The observed heterozygosity was 0.75.The study on population demonstrated that the inheritance of the genes was in Mendelian fashion.The distribution of the observed genotypes met Hardy-Weinberg equilibrium.The results show that this locus is measured sensitively and accurately and is a useful marker for the study of forensic medicine or medical genetics and clinical medicine.
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Key words:repetitive sequences,nucleic acid； CSF1PO locus; gene frequency； polymorphism,DNA
微卫星短串联重复序列(short tandem repeat)又称STR座位[1]，是一类由2～6作为核心序列串联重复形成的DNA序列。它广泛地存在于真核基因组中，主要由核心序列重复次数的变化构成了遗传多态性，人类基因组平均每6～10 kb就有一个STR基因座，为法医个人识别和亲子鉴定提供了高信息基因座的丰富来源。与限制性片段长度多态性产生的DNA指纹相比，用多聚酶链反应技术(PCR)扩增STR基因座产生的DNA谱带灵敏度更高，适用于法医学个人识别和亲权鉴定。本文对其中CSF1PO基因座[2]进行山西地区汉族人群基因频率分布调查，结果表明该座位在山西地区群体中有高度多态性，扩增片段短，扩增效率高，是法医学、群体遗传及临床医学研究的重要DNA遗传标记。
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1 材料与方法
1.1 群体样本 200份EDTA抗凝血液样品。
1.2 DNA提取 血液用蛋白酶K消化，苯酚、氯仿提取。
1.3 扩增反应[3] 于50 μl 扩增体系，PCR缓冲液(含10 mmol/L Tris-HCl，pH9.0，50 mmol/L MgCl2，0.01 g/L白明胶)，0.5UTaq酶，200 μmol/L dNTP，10×Primer 5 μl。模板DNA10 ng。引物为5′-AACCTGAGTCTGCCAAGGACTAGC；5′-TTCCACACACCACTGGCCATCTTC。
热循环参数：95 ℃2 min，随后94 ℃1 min，60 ℃1 min，70 ℃1.5 min，10个循环；再90 ℃1 min，60 ℃1 min，70 ℃1.5 min，20个循环。
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1.4 电泳分离 扩增产物在T＝6%，C＝5%的聚丙烯酰胺变性胶(含4 mol/L尿素及0.5×TBE缓冲液，pH 8.0)上分离，恒功率25 W，电泳2 h。乙酸固定，硝酸银染色，碳酸钠显色，乙酸停显。
2 结果与讨论
对200例山西汉族人作CSF1PO基因座分型发现了19个基因型，共检出7个等位基因，基因频率分布列表，其中基因型频率最高的为第11号等位基因，最低为第14号等位基因。基因频率分布经χ2检验(ν＝12，χ2＝21，P>0.05)基因型观察值与期望值无显著性差异，符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。CSF1PO基因座位的杂合度(H＝1-∑ni=1P2i)为0.75。结果表明CSF1PO基因座位在山西地区人群中具有高度多态性。表1 山西地区汉族人群CSF1PO基因座频率分布 等位基因
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基因频率
8
0.017 5
9
0.085 0
10
0.250 0
11
0.332 5
12
0.250 0
13
0.057 5
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14
0.007 5
1.000 0
本文研究的CSF1PO基因座位即C-fms原癌基因CSF-1受体，重复单位是4个碱基对长(AGAT)，扩增片段长度在299～323 bp。该基因座位定位于第5号染色体p33.3～34。我们除了获得基因座群体遗传学数据外，还进行了家系调查，结果表明，CSF1PO基因座位子女的等位基因都分别来自父母双方，符合孟得尔遗传规律可作为亲权关系鉴定的标记。
CSF1PO基因座的基因频率分布与欧美人种分布略有差别，与国内其他地区报道的汉族人群基本分布相似[4]，因此对法医学的应用、群体遗传学及临床医学的疾病研究具有相当大的价值
山西省青年基金资助项目
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作者简介： 作者简介：梁景青，女，1958年8月生，本科，副教授
参考文献：
[1] Edwards AL,Civitello A,Hammond HA.DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats[J].Am J Hum Genet,1991,49:748.
[2] Crouse CA,Schumm J.Investigation of species specificity using nine PCR-based human STR systems[J].J Forensic Sci,1995,40:95.
[3] Hammond HA,Li J,Zhong Y.Evaluation of 13 short tandem repeat loci for use in personal identification applications[J].Am J Hum Genet,1994,55:175.
[4] Huang NE,Schumm J,Budowle B.Chinese population data on three tetrameric short tandem repeat loci-HUMTH 01,TPOX and CSF1PO-derived using multiplex PCR and manual typing[J].Forensic Sci Int,1995,71:131.
收稿日期：1999-08-06, http://www.100md.com