根据《国务院办公厅关于印发国家食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》(国办发〔2003〕31号)，国家食品药品监管局设10个职能机构。(一)办公室(规划财务司)，(二)政策法规司，(三)
食品安全协调司，(四)食品安全监察司，(五)药品注册司，(六)
医疗器械司，(七)
药品安全监管司，(八)药品市场监督司，(九)人事教育司，(十)国际合作司。
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为保证各项工作正常运转，从2003年5月6日起，国家食品药品监管局开始启用“国家食品药品监督管理局办公室”等11个印章，原国家药品监督管理局各司室印章停止使用。