国家对民族医药的定位模糊；后续人才严重萎缩；民族医药与高新技术接壤不力；民族医药的知识产权流失严重等问题的存在将会严重影响和阻碍民族医药的快速发展，甚而会带来不可挽回的灾难性后果。
漫长的岁月里，民族医药一直固守着自身生存与发展的地域和民族，积累了一定的诊疗经验，但是由于缺乏利用新技术、新手段的意识和动力，缺乏对其他传统医学技术的借鉴融合的机制，加上基础研究的投入不足，使民族医药的发展一直处于相对落后的状态。
民族医药是各民族在长期的生产和医疗实践中逐步摸索、总结出的独特的医药理论和诊疗方法，是我国传统文化领域中的一朵奇葩。随着知识经济时代的到来，国家对传统医学研究投入了大量的资金和人力，但是这部分资金和人力较多地分配到了中医药学研究领域，对民族医药的发展仍未引起足够的重视，利用新的技术方法和手段对民族医药的开发又较少，从而使民族医药的发展一直处于一种停滞不前的状态。
北京康派特医药经济技术研究中心组织相关专家研究认为：国家对民族医药的定位模糊；后续人才严重萎缩；民族医药与高新技术接壤不利；民族医药的知识产权流失严重等问题的存在将会严重影响和阻碍民族医药的快速发展，甚而会带来不可挽回的灾难性后果。
民族医药是中国传统医药学的重要组成部分，不能与中医药学学术体系完全统一
中医学是我国古代社会长期的主流医学，至今仍有其不可动摇的学术地位和社会地位。中医学以汉文化为形成的文化背景，且我国汉族人口占绝大多数，因此中医中药被广泛应用。而民族医药在药物资源、指导用药的理论、发展历史等方面与中医学有许多交叉和相似之处，加上民族医药只在小范围内被吸收应用。因此在某种程度上，民族医药被有些人误认为是中医学的一个分支，也误认为二者归属于同一个学术体系。
20世纪末出版的《世界传统医学大系》，其主导思想即是要“创建世界传统医学统一的学术体系”。但是，世界传统医学种类众多，每一种医学科学体系的产生与本地区独特的民族文化背景、宗教信仰、地域划分、哲学、天文、物候、民俗等具有密切的关系，其诊断治疗也具有各自特别的方式方法。从民族医学本身来讲，就不是一个统一的医学体系，而是藏医学、蒙医学、壮医学、侗医学等多种民族医药学术体系汇聚在一起的一个学术总称，具有丰富性和多元性。如果人为地、强制性地将各种医药学术体系统一，势必会导致每一种学术体系都丧失自身的特色，形成中非中、民族非民族的尴尬局面。
后续人才严重匮乏、文献典籍保护不力使民族医药的传承受到严峻挑战
民族医药作为一种传统文化，近百年来一直处于艰难发展的局面。在这个过程中，人才队伍逐渐萎缩，也有一些管理者的思想和理念不利于民族医药发展。发展民族医药的人才症结主要表现有：许多老民族医生受语言及从业资格的限制将难以从业和传承；大量民间医生亟待进行继续医学教育和从业资格认证；缺乏必要机制吸引相关学科人员参与民族医药研发工作；用西医的模式培养民族医，不但使民族医丧失了民族的特色，也为民族医学的继承和发展增加了难度。
同时，民族医学文献典籍的继承、整理、研究、保护一直处于被忽视的状态。随着国家对民族医药的重视度加大，民族医药的影响力逐步扩大，民族医药文献的整理出版也逐渐得到了相关工作者的重视。但是典藏民族医学文献的汉文翻译量较少，有关某一分支民族医学的专著更少，使民族医药在扩大传播和继承范围、深入研究挖掘等方面同时受到了影响。
民族医药与高新技术接壤不力，导致创新机制受到制约
漫长的岁月里，民族医药一直固守着自身生存与发展的地域和民族，积累了一定的诊疗经验，但是由于缺乏利用新技术、新手段的意识和动力，缺乏对其他传统医学技术的借鉴融合的机制，加上基础研究的投入不足，使民族医药的发展一直处于相对落后的状态。目前全国民族医药研究的科研基地规模较小，设备、管理水平都很低，科研项目都是零星的、分散的、随机的、多方插手的，因此研发工作难以走向系统深入。民族医药的创新也成为一条难以逾越的鸿沟。这也是民族医药“下山进城”一直受到阻碍的根本缘由。
中国是一个多民族的国家，有丰富的民族药资源，各个民族在历史上都积累了丰富的医药经验和医学成就，在12807种药物资源中，85%属于民族医药。当前，我国民族医药正迅速走出帐篷竹楼，许多以“土方”、“偏方”等形式传承下来的药方正在向现代化、产业化方向发展，当然，这还需要时间。
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