广东汉族人群St14(DXS52) VNTR与血友病A携带者的检测
作者:马爱华 曾瑞萍 贺奇才
单位:马爱华(新疆医科大学生物教研室);曾瑞萍(510089 广州,中山医科大学医学遗传教研室);贺奇才(中山医科大学物理教研室)
关键词:St14(DXS52);小卫星重复;血友病A;多态性
中华血液学杂志000707 【摘要】 目的 研究广东正常人群St14(DXS52)位点的遗传多态性,为血友病A的基因诊断提供依据。方法 采用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)分析技术,检测了广东地区无血缘关系的正常汉族个体125名,男21名,女104名,总计229条X染色体。利用此数目可变串联重复序列(VNTR)多态作为遗传标记,对4个血友病A家系进行连锁分析。结果 共检出11种等位片段,其片段大小为700~1810bp,基因频率分布为0.0044~0.4803。在该群体的男性个体中观察到7种基因型,女性个体中观察到17种基因型,观察杂合度为0.432,多态信息含量为0.7335。研究的4个家系中2个有诊断信息,在1个家系中确定了2名女性为正常人,而非携带者;在另1个家系中检出1名女性携带者。结论 St14(DXS52)位点VNTR多态是对华南地区血友病A携带者检测有一定应用价值的遗传标记,并与欧洲白种人群间存在差异性。
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The St14(DXS 52)VNTR in a Guangdong Han population and detection of hemophilia A carriers
MA Aihua, ZENG RuiPing, HE Qicai.
(Department of Medical Genetics, Sun Yat-sen University of Medical Sciences, Guangzhou 510089, China)
【Abstract】 Objective To investigate the genetic polymorphism of the St14(DXS 52) variable number tandem repeat (VNTR) in normal individuals in Guangdong, and to evaluate the efficacy of this marker for the gene diagnosis of hemophilia A. Methods 125 unrelated healthy individuals (male 21, female 104) and 4 hemophilia A families were detected using amplified-fragment-length polymorphism (Amp-FLP). Results 11 allelic fragments ranging from 700 to 1810bp in size and 7 different genotypes in males,17 different genotypes in females were observed, respectively. The allele frequencies were 0.0044 to 0.4803. The polymorphism information contents (PIC) was 0.7335, and the heterozygosity was 0.432. Four families with hemophilia A were analyzed and 2 of them were informative for linkage analysis. In one family, 2 females were determined to be normal individuals, not carriers, one female carrier was detected in the other family. Conclusion St14(DXS 52) was a useful polymorphism marker for carrier detection of hemophilia A in southern Chinese population, and it was different from those in Caucasian.
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【Key words】 St14(DXS 52); Minisatellite repeat; Hemophilia A; Polymorphism
DXS52位点在X染色体长臂q26~28区,距FⅧ基因2Mb,与血友病A、血友病B、脆性X染色体综合征及肾上腺髓质营养不良等疾病的致病基因紧密连锁[1]。国外报道,大约90%的家系能用此位点多态性进行遗传连锁分析,该位点多态性有助于血友病A携带者的检出及产前基因诊断。国内对St14(DXS52)位点的遗传多态性研究甚少,我们应用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)技术,对广东地区汉族群体无血缘关系个体的此位点多态性进行了研究,并对血友病A家系进行连锁分析,旨在研究该位点在中国人群中存在的等位基因类型、基因频率及其多态信息含量(PIC)大小,并探讨其对血友病A基因诊断的价值,从而提供一种有效的血友病A携带者检测的方法。
对象和方法
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1 研究对象及材料
1.1 对象:广东地区无血缘关系的正常汉族个体125名,均为中山医科大学医学遗传教研室临床室葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏及地中海贫血筛查者,其中男21名,女104名,取其外周静脉血1~3ml。2个血友病A家系(由中山医科大学附属第一医院儿科作血清学诊断并提供病例)成员取外周血5ml,肝素抗凝。另外2个血友病A家系成员DNA为本室保存标本。
1.2 引物及试剂:DXS52位点数目可变串联重复序列(VNTR)的一对引物序列[2]如下:
St-1:5′-GGCATGTCATCACTTCTCTCATGTT-3′;
St-2:5′-CACCACTGCCCTCACGTCACTT-3′。
引物由上海生工生物技术公司合成。dNTP、Taq DNA聚合酶为加拿大GENDA公司产品,λDNA/HindⅢ+EcoRⅠ marker购自华美公司,SDS、蛋白酶K购自Serva公司,其余试剂均为国产分析纯。
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1.3 仪器:PCR热循环仪为GC-1型(PE公司,美国)。
2 方法
2.1 DNA提取及浓度测定:按本室常规方法[3]进行。
2.2 PCR扩增:PCR反应体系为30μl,含10mmol/L Tris-HCl(pH 9.0), 50mmol/L KCl,1.5mmol/L MgCl2,1g/L TritonX-100, 0.2mmol/L dNTP,上下游引物为15pmol/L 以及0.2~0.5μg DNA模板。94℃变性7min后 ,加2U Taq酶。反应条件为:94℃45s,65℃30s,72℃ 90s,28个循环后,72℃延伸10min。
取5μl PCR产物经15g/L 琼脂糖凝胶(含0.5g/ml溴乙锭)电泳,于紫外灯下观察VNTR片段,用GDS凝胶成像系统拍摄打印实验结果。
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2.3 PCR扩增片段长度的判断:根据标准DNA片段(Y)的电泳迁移率(X)推导出多项式曲线拟合公式[4],设计计算机运算程序,测量扩增片段的电泳迁移率后输入计算机即可算出扩增片段大小并判断型别。
3 DXS52 PCR产物多态性分析及数据处理 从凝胶上直接判读并记录每个个体基因型,对每份样品逐个分型。计算各等位片段频率,杂合度观察值由样本基因型直接算出,PIC按1-Σfi2统计,fi为等位片段频率。
中国人群和欧洲白种人群的DXS52位点的多态构成比较采用χ2检验。
结果
1 Richards等[2]研究发现St14(DXS52)位点由60bp的核心区串联重复及两侧具有一定变异的650bp的侧翼区域构成。由于在不同个体基因组内重复的拷贝数不同,故在人群中呈高度多态性。作者对扩增片段作测序分析,发现最小的700bp片段为1次重复,扩增片段长1690bp,则其重复数为(1690-650)/60≈17。为方便起见,将VNTR重复数为n的记为VNTRn,则上述两种多态分别表示为VNTR1和VNTR17,其它以此类推。
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我们对125名正常人229条X染色体的分析显示,人群中St14(DXS52)位点存在11个等位片段,按核心单位重复数从小到大依次命名为VNTR1~VNTR19,片段长度为700bp~1810bp(图1),各等位片段长度及频率见表1。最常见的等位基因分别为VNTR1(700bp),VNTR11(1300bp),VNTR10(1220bp)。核心单元最多重复19次。
M:λDNA/HindⅢ+EcoRⅠ分子量标准;1~8:8名正常中国人St14(DXS52)VNTR 扩增产物,基因型依次为1810bp/700bp,1690bp/Y,1690bp/1390bp,1630bp/1570bp,1300bp/830bp,1300bp/1040bp,1300bp/1160bp,1220bp/1220bp
图1 广东汉族群体中St14(DXS52)VNTR 长度多态性分析结果
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表1 St14(DXS52)VNTR等位基因片段大小及其基因频率 等位基因
VNTR
(60bp单元重复数)
长度
(bp)
基因频率fi
广东汉族人群
(125名)
欧洲白种人群
(50名)
VNTR1
700
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0.4803
0.1200
VNTR3
830
0.0044
VMTR6
1040
0.0044
VNTR9
1160
0.0174
VNTR10
1220
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0.1222
0.0200
VNTR11
1300
0.1397
0.0200
VNTR12
1390
0.0655
0.1000
VNTR15
1570
0.0830
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0.1400
VNTR16
1630
0.0306
0.0200
VNTR17
1690
0.0480
0.3600
VNTR19
1810
0.0044
VNTR29
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2400
0.1200
VNTR37
2900
0.0800
VNTR39
3000
0.0200
总PIC
0.7335
0.8040
注:欧洲白种人群和我国广东地区部分汉族人群PIC相比,P<0.001
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2 在21名男性个体中检出7种基因型,104名女性个体中检出17种基因型,其中以VNTR1/VNTR1、VNTR1/VNTR11、VNTR1/VNTR10 3种最为常见。女性正常人中有44名呈杂合子,观察杂合性为0.423。此群体的PIC为0.7335。
3 分析了4个家系19名成员的基因型,发现子代的所有扩增片段(等位基因)可分别从父、母的扩增片段中找到来源,无一例外,说明DXS52位点各等位基因均按孟德尔共显性遗传方式传递。
4 血友病A家系的St14位点VNTR多态连锁分析见图2。家系1:先证者Ⅱ1的1300bp片段与致病基因连锁,该片段由其母亲Ⅰ2传递而来,母亲Ⅰ2基因型为700bp/1300bp,父亲Ⅰ1的700bp为正常基因片段,先证者的妹妹Ⅱ2和姨表妹Ⅱ3均为700bp纯合子,由于Ⅱ2分别继承了来自母亲Ⅰ2和来自父亲Ⅰ1的700bp正常基因,Ⅱ3则分别接受了来自母亲正常的700bp片段和来自父亲(无血友病)的正常基因,故Ⅱ2和Ⅱ3都不是致病基因携带者,诊断为正常。
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a M:Marker(λDNA/Hind Ⅲ+EcoRⅠ);1:父亲Ⅰ1;
2:母亲Ⅱ2;3:先证者Ⅱ1;4:妹妹Ⅱ2;5:姨表妹Ⅲ3
b M:Marker(λDNA/Hind Ⅲ+EcoRⅠ);1:父亲Ⅱ1;
2:母亲Ⅱ2;3:先证者Ⅲ1;4:妹妹Ⅲ3↑为先证者
图2 2个血友病A的家系St14位点VNTR多态的基因连锁分析
家系2:先证者Ⅲ1的830bp与致病基因连锁,母亲Ⅱ2为830bp/1300bp杂合子, 父亲Ⅱ1的1390bp为正常基因片段,根据孟德尔遗传规律可判断Ⅱ2的830bp由其父Ⅰ3传来,即先证者的致病基因来源于其外祖父Ⅰ3,并与830bp片段紧密连锁。先证者的妹妹Ⅲ2为830bp/1390bp杂合子,她分别接受了来自母亲的与致病基因连锁的830bp片段和来自父亲的一条正常基因片段(1390bp),故诊断为携带者。
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家系3和家系4母亲为700bp/700bp纯合子,无多态性,因而无法进行连锁分析。
讨论
据国外报道,St14位点在朝鲜人群中存在13个等位基因[5]。国内研究人员观察到8个等位基因[6]。我们检出11个等位基因,综合分析发现该位点在中国人群中存在13个等位基因。本研究结果显示在中国人群中St14位点比欧洲白种人少4个相对分子质量较大的等位基因(3000bp、2900bp、2400bp、2100bp),多3个相对分子质量较小的等位基因(1160bp、1040bp、830bp),这3种片段和1810bp片段在我国人群中首次发现,且很少见。在欧洲白种人中,该VNTR以1690bp片段频率为最高(36.0%),而且相对分子质量较大片段的等位基因频率比较高,与之不同的是中国人群中以700bp片段频率(0.4803)为最高,相对分子质量较低片段的等位基因频率相对偏高,从而导致总的PIC在我国人群中有所下降,为0.7335。统计学处理结果证明两群体间在St14位点的等位基因类型、基因频率及分布有明显的种族差异,预示该位点在不同种族、不同地域间存在异质性。此外,Zago等[7]报道此VNTR在美国黑人和印第安人中差异显著,黑人中检出22种等位基因,片段长度分布在700~4600bp,其中以880bp最常见(10.3%),印第安人中仅观察到4种等位基因,最常见者为700bp(76.9%),其次为1390bp(23.1%)。日本人中也以700bp片段频率升高最为明显(49.2%),结果与泰国人群中的相似[8]。这些资料将在人类学、医学遗传学、法医学研究中具有重要意义。
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连锁分析是以亲代的高度杂合态为前提,作为遗传标记的位点在群体中存在的等位基因数目越多,基因型越多,杂合度越高,越有利于连锁分析。St14位点存在的等位基因数目多,杂合率较高(42.3%),具有一定的多态性,虽然总PIC有所下降,但与其它基因内及基因外RFLP联合应用,互为补充,仍不失为血友病A基因诊断中十分有用的分子遗传标志。此法操作简便、快速,结果准确可靠,不需要探针杂交,避免使用放射性核素,故适用于基层实验室。特别是所用基因组DNA量少,更适于胎儿产前诊断。
志谢:杜传书教授对本文提出宝贵建议,特此表示感谢
基金项目:美国中华医学基金会(CMB)资助项目
参 考 文 献
1,Kenwrick S, Gitschier J. Contiguous, 3-Mb physical map of Xq28 extending from the colorblindness locus to DXS15. Am J Hum Genet, 1989, 45:873-882.
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2,Richards B, Heilig R, Oberle I, et al .Rapid PCR analysis of the St14(DXS52)VNTR. Nucl Acids Res, 1991, 19: 1944.
3,光炜,王菁,杜传书,等. Wilms瘤中P16基因缺失一例报告. 中华医学遗传学杂志,1997, 14:28-30.
4,罗超权,伍新尧,杨英浩,等. PAW101-EcoRⅠ限制性片段在广东人群中的分布及其在法医学上的应用. 中山医科大学学报,1992, 13: 65-67.
5,Yang YH, Song KS, Kim IK, et al. Rapid polymerase chain reaction analysis of St14(DXS52)VNTR: carrier detection of hemophilia A. J Obstet Gynaecol Res, 1997,23:399-402.
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6,金春莲,林长坤,宋军,等. 东北地区正常人群St14(DXS52)位点VNTR多态分布及在甲型血友病基因诊断中的应用. 中华医学遗传学杂志,1998, 15:31-34.
7,Marco A, Wilson A, Marli H, et al. Interpopulational and intrapopulational genetic diversity of Amerindians as revealed by six variable number of tandem repeats. Hum Hered, 1996,46:274-289.
8,Goodeve AC, Chuansumrit A, Sasanakul W, et al. A comparison of the alleleic frequencies of ten DNA polymorphisms associated with factor Ⅷ and factor Ⅸ genes in Thai and Western European populations. Blood Coagul Fibrinolysis, 1994, 5:29-35.
(收稿日期:1999-06-11), http://www.100md.com
单位:马爱华(新疆医科大学生物教研室);曾瑞萍(510089 广州,中山医科大学医学遗传教研室);贺奇才(中山医科大学物理教研室)
关键词:St14(DXS52);小卫星重复;血友病A;多态性
中华血液学杂志000707 【摘要】 目的 研究广东正常人群St14(DXS52)位点的遗传多态性,为血友病A的基因诊断提供依据。方法 采用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)分析技术,检测了广东地区无血缘关系的正常汉族个体125名,男21名,女104名,总计229条X染色体。利用此数目可变串联重复序列(VNTR)多态作为遗传标记,对4个血友病A家系进行连锁分析。结果 共检出11种等位片段,其片段大小为700~1810bp,基因频率分布为0.0044~0.4803。在该群体的男性个体中观察到7种基因型,女性个体中观察到17种基因型,观察杂合度为0.432,多态信息含量为0.7335。研究的4个家系中2个有诊断信息,在1个家系中确定了2名女性为正常人,而非携带者;在另1个家系中检出1名女性携带者。结论 St14(DXS52)位点VNTR多态是对华南地区血友病A携带者检测有一定应用价值的遗传标记,并与欧洲白种人群间存在差异性。
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The St14(DXS 52)VNTR in a Guangdong Han population and detection of hemophilia A carriers
MA Aihua, ZENG RuiPing, HE Qicai.
(Department of Medical Genetics, Sun Yat-sen University of Medical Sciences, Guangzhou 510089, China)
【Abstract】 Objective To investigate the genetic polymorphism of the St14(DXS 52) variable number tandem repeat (VNTR) in normal individuals in Guangdong, and to evaluate the efficacy of this marker for the gene diagnosis of hemophilia A. Methods 125 unrelated healthy individuals (male 21, female 104) and 4 hemophilia A families were detected using amplified-fragment-length polymorphism (Amp-FLP). Results 11 allelic fragments ranging from 700 to 1810bp in size and 7 different genotypes in males,17 different genotypes in females were observed, respectively. The allele frequencies were 0.0044 to 0.4803. The polymorphism information contents (PIC) was 0.7335, and the heterozygosity was 0.432. Four families with hemophilia A were analyzed and 2 of them were informative for linkage analysis. In one family, 2 females were determined to be normal individuals, not carriers, one female carrier was detected in the other family. Conclusion St14(DXS 52) was a useful polymorphism marker for carrier detection of hemophilia A in southern Chinese population, and it was different from those in Caucasian.
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【Key words】 St14(DXS 52); Minisatellite repeat; Hemophilia A; Polymorphism
DXS52位点在X染色体长臂q26~28区,距FⅧ基因2Mb,与血友病A、血友病B、脆性X染色体综合征及肾上腺髓质营养不良等疾病的致病基因紧密连锁[1]。国外报道,大约90%的家系能用此位点多态性进行遗传连锁分析,该位点多态性有助于血友病A携带者的检出及产前基因诊断。国内对St14(DXS52)位点的遗传多态性研究甚少,我们应用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)技术,对广东地区汉族群体无血缘关系个体的此位点多态性进行了研究,并对血友病A家系进行连锁分析,旨在研究该位点在中国人群中存在的等位基因类型、基因频率及其多态信息含量(PIC)大小,并探讨其对血友病A基因诊断的价值,从而提供一种有效的血友病A携带者检测的方法。
对象和方法
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1 研究对象及材料
1.1 对象:广东地区无血缘关系的正常汉族个体125名,均为中山医科大学医学遗传教研室临床室葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏及地中海贫血筛查者,其中男21名,女104名,取其外周静脉血1~3ml。2个血友病A家系(由中山医科大学附属第一医院儿科作血清学诊断并提供病例)成员取外周血5ml,肝素抗凝。另外2个血友病A家系成员DNA为本室保存标本。
1.2 引物及试剂:DXS52位点数目可变串联重复序列(VNTR)的一对引物序列[2]如下:
St-1:5′-GGCATGTCATCACTTCTCTCATGTT-3′;
St-2:5′-CACCACTGCCCTCACGTCACTT-3′。
引物由上海生工生物技术公司合成。dNTP、Taq DNA聚合酶为加拿大GENDA公司产品,λDNA/HindⅢ+EcoRⅠ marker购自华美公司,SDS、蛋白酶K购自Serva公司,其余试剂均为国产分析纯。
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1.3 仪器:PCR热循环仪为GC-1型(PE公司,美国)。
2 方法
2.1 DNA提取及浓度测定:按本室常规方法[3]进行。
2.2 PCR扩增:PCR反应体系为30μl,含10mmol/L Tris-HCl(pH 9.0), 50mmol/L KCl,1.5mmol/L MgCl2,1g/L TritonX-100, 0.2mmol/L dNTP,上下游引物为15pmol/L 以及0.2~0.5μg DNA模板。94℃变性7min后 ,加2U Taq酶。反应条件为:94℃45s,65℃30s,72℃ 90s,28个循环后,72℃延伸10min。
取5μl PCR产物经15g/L 琼脂糖凝胶(含0.5g/ml溴乙锭)电泳,于紫外灯下观察VNTR片段,用GDS凝胶成像系统拍摄打印实验结果。
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2.3 PCR扩增片段长度的判断:根据标准DNA片段(Y)的电泳迁移率(X)推导出多项式曲线拟合公式[4],设计计算机运算程序,测量扩增片段的电泳迁移率后输入计算机即可算出扩增片段大小并判断型别。
3 DXS52 PCR产物多态性分析及数据处理 从凝胶上直接判读并记录每个个体基因型,对每份样品逐个分型。计算各等位片段频率,杂合度观察值由样本基因型直接算出,PIC按1-Σfi2统计,fi为等位片段频率。
中国人群和欧洲白种人群的DXS52位点的多态构成比较采用χ2检验。
结果
1 Richards等[2]研究发现St14(DXS52)位点由60bp的核心区串联重复及两侧具有一定变异的650bp的侧翼区域构成。由于在不同个体基因组内重复的拷贝数不同,故在人群中呈高度多态性。作者对扩增片段作测序分析,发现最小的700bp片段为1次重复,扩增片段长1690bp,则其重复数为(1690-650)/60≈17。为方便起见,将VNTR重复数为n的记为VNTRn,则上述两种多态分别表示为VNTR1和VNTR17,其它以此类推。
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我们对125名正常人229条X染色体的分析显示,人群中St14(DXS52)位点存在11个等位片段,按核心单位重复数从小到大依次命名为VNTR1~VNTR19,片段长度为700bp~1810bp(图1),各等位片段长度及频率见表1。最常见的等位基因分别为VNTR1(700bp),VNTR11(1300bp),VNTR10(1220bp)。核心单元最多重复19次。
M:λDNA/HindⅢ+EcoRⅠ分子量标准;1~8:8名正常中国人St14(DXS52)VNTR 扩增产物,基因型依次为1810bp/700bp,1690bp/Y,1690bp/1390bp,1630bp/1570bp,1300bp/830bp,1300bp/1040bp,1300bp/1160bp,1220bp/1220bp
图1 广东汉族群体中St14(DXS52)VNTR 长度多态性分析结果
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表1 St14(DXS52)VNTR等位基因片段大小及其基因频率 等位基因
VNTR
(60bp单元重复数)
长度
(bp)
基因频率fi
广东汉族人群
(125名)
欧洲白种人群
(50名)
VNTR1
700
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0.4803
0.1200
VNTR3
830
0.0044
VMTR6
1040
0.0044
VNTR9
1160
0.0174
VNTR10
1220
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0.1222
0.0200
VNTR11
1300
0.1397
0.0200
VNTR12
1390
0.0655
0.1000
VNTR15
1570
0.0830
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0.1400
VNTR16
1630
0.0306
0.0200
VNTR17
1690
0.0480
0.3600
VNTR19
1810
0.0044
VNTR29
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2400
0.1200
VNTR37
2900
0.0800
VNTR39
3000
0.0200
总PIC
0.7335
0.8040
注:欧洲白种人群和我国广东地区部分汉族人群PIC相比,P<0.001
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2 在21名男性个体中检出7种基因型,104名女性个体中检出17种基因型,其中以VNTR1/VNTR1、VNTR1/VNTR11、VNTR1/VNTR10 3种最为常见。女性正常人中有44名呈杂合子,观察杂合性为0.423。此群体的PIC为0.7335。
3 分析了4个家系19名成员的基因型,发现子代的所有扩增片段(等位基因)可分别从父、母的扩增片段中找到来源,无一例外,说明DXS52位点各等位基因均按孟德尔共显性遗传方式传递。
4 血友病A家系的St14位点VNTR多态连锁分析见图2。家系1:先证者Ⅱ1的1300bp片段与致病基因连锁,该片段由其母亲Ⅰ2传递而来,母亲Ⅰ2基因型为700bp/1300bp,父亲Ⅰ1的700bp为正常基因片段,先证者的妹妹Ⅱ2和姨表妹Ⅱ3均为700bp纯合子,由于Ⅱ2分别继承了来自母亲Ⅰ2和来自父亲Ⅰ1的700bp正常基因,Ⅱ3则分别接受了来自母亲正常的700bp片段和来自父亲(无血友病)的正常基因,故Ⅱ2和Ⅱ3都不是致病基因携带者,诊断为正常。
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a M:Marker(λDNA/Hind Ⅲ+EcoRⅠ);1:父亲Ⅰ1;
2:母亲Ⅱ2;3:先证者Ⅱ1;4:妹妹Ⅱ2;5:姨表妹Ⅲ3
b M:Marker(λDNA/Hind Ⅲ+EcoRⅠ);1:父亲Ⅱ1;
2:母亲Ⅱ2;3:先证者Ⅲ1;4:妹妹Ⅲ3↑为先证者
图2 2个血友病A的家系St14位点VNTR多态的基因连锁分析
家系2:先证者Ⅲ1的830bp与致病基因连锁,母亲Ⅱ2为830bp/1300bp杂合子, 父亲Ⅱ1的1390bp为正常基因片段,根据孟德尔遗传规律可判断Ⅱ2的830bp由其父Ⅰ3传来,即先证者的致病基因来源于其外祖父Ⅰ3,并与830bp片段紧密连锁。先证者的妹妹Ⅲ2为830bp/1390bp杂合子,她分别接受了来自母亲的与致病基因连锁的830bp片段和来自父亲的一条正常基因片段(1390bp),故诊断为携带者。
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家系3和家系4母亲为700bp/700bp纯合子,无多态性,因而无法进行连锁分析。
讨论
据国外报道,St14位点在朝鲜人群中存在13个等位基因[5]。国内研究人员观察到8个等位基因[6]。我们检出11个等位基因,综合分析发现该位点在中国人群中存在13个等位基因。本研究结果显示在中国人群中St14位点比欧洲白种人少4个相对分子质量较大的等位基因(3000bp、2900bp、2400bp、2100bp),多3个相对分子质量较小的等位基因(1160bp、1040bp、830bp),这3种片段和1810bp片段在我国人群中首次发现,且很少见。在欧洲白种人中,该VNTR以1690bp片段频率为最高(36.0%),而且相对分子质量较大片段的等位基因频率比较高,与之不同的是中国人群中以700bp片段频率(0.4803)为最高,相对分子质量较低片段的等位基因频率相对偏高,从而导致总的PIC在我国人群中有所下降,为0.7335。统计学处理结果证明两群体间在St14位点的等位基因类型、基因频率及分布有明显的种族差异,预示该位点在不同种族、不同地域间存在异质性。此外,Zago等[7]报道此VNTR在美国黑人和印第安人中差异显著,黑人中检出22种等位基因,片段长度分布在700~4600bp,其中以880bp最常见(10.3%),印第安人中仅观察到4种等位基因,最常见者为700bp(76.9%),其次为1390bp(23.1%)。日本人中也以700bp片段频率升高最为明显(49.2%),结果与泰国人群中的相似[8]。这些资料将在人类学、医学遗传学、法医学研究中具有重要意义。
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连锁分析是以亲代的高度杂合态为前提,作为遗传标记的位点在群体中存在的等位基因数目越多,基因型越多,杂合度越高,越有利于连锁分析。St14位点存在的等位基因数目多,杂合率较高(42.3%),具有一定的多态性,虽然总PIC有所下降,但与其它基因内及基因外RFLP联合应用,互为补充,仍不失为血友病A基因诊断中十分有用的分子遗传标志。此法操作简便、快速,结果准确可靠,不需要探针杂交,避免使用放射性核素,故适用于基层实验室。特别是所用基因组DNA量少,更适于胎儿产前诊断。
志谢:杜传书教授对本文提出宝贵建议,特此表示感谢
基金项目:美国中华医学基金会(CMB)资助项目
参 考 文 献
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2,Richards B, Heilig R, Oberle I, et al .Rapid PCR analysis of the St14(DXS52)VNTR. Nucl Acids Res, 1991, 19: 1944.
3,光炜,王菁,杜传书,等. Wilms瘤中P16基因缺失一例报告. 中华医学遗传学杂志,1997, 14:28-30.
4,罗超权,伍新尧,杨英浩,等. PAW101-EcoRⅠ限制性片段在广东人群中的分布及其在法医学上的应用. 中山医科大学学报,1992, 13: 65-67.
5,Yang YH, Song KS, Kim IK, et al. Rapid polymerase chain reaction analysis of St14(DXS52)VNTR: carrier detection of hemophilia A. J Obstet Gynaecol Res, 1997,23:399-402.
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6,金春莲,林长坤,宋军,等. 东北地区正常人群St14(DXS52)位点VNTR多态分布及在甲型血友病基因诊断中的应用. 中华医学遗传学杂志,1998, 15:31-34.
7,Marco A, Wilson A, Marli H, et al. Interpopulational and intrapopulational genetic diversity of Amerindians as revealed by six variable number of tandem repeats. Hum Hered, 1996,46:274-289.
8,Goodeve AC, Chuansumrit A, Sasanakul W, et al. A comparison of the alleleic frequencies of ten DNA polymorphisms associated with factor Ⅷ and factor Ⅸ genes in Thai and Western European populations. Blood Coagul Fibrinolysis, 1994, 5:29-35.
(收稿日期:1999-06-11), http://www.100md.com