广州地区汉族人群多巴胺转运载体基因3′VNTR区多态性
作者:王建 刘焯霖 陈彪 潘锡榜
单位:王建 刘焯霖 潘锡榜 510080广州,中山医科大学附属第一医院神经科;陈彪 美国帕金森病研究所
关键词:
中华医学遗传学杂志990620 人类多巴胺转运载体(dopamine transporter,DAT)在多巴胺的神经传递中起着关键作用。在突触,多巴胺通过DAT重吸收回突触前终末而终止功能。因此,DAT可能与帕金森病、Tourette综合征等有关。人类DAT cDNA已被克隆,基因定位在染色体5p15.3,并且发现在编码mRNA 3′非翻译区的基因序列中有1个40bp数目可变的串联重复序列(variable number of tandem repeats, VNTR)[1]。我们对一组广州地区汉族正常人群的DAT基因3′VNTR区多态性作了检测,并与其它人群进行了比较。
, http://www.100md.com
1 材料和方法
1.1 样本的选择 180名随机选择的来自中国广州地区的汉族人,为我院门诊体检健康者,其中男102名,女78名,年龄28~83岁。
1.2 方法 参照Vandenbergh等[1]报道的方法。用PCR扩增DAT基因包含40bp重复单位的3′VNTR区和80bp的侧翼序列,确定基因型。引物序列为5′引物:5′-TGTGGTGTAGGGAACGGCCTGAG-3′和3′引物:5′-CTTCCTGGAGGTCACG-GCTCAAGG-3′。
1.3 数据处理及统计学分析 按文献[2]的方法对群体数据作Hardy-Weinberg平衡吻合度检验。杂合度按文献[3]的方法计算。不同种族间等位基因频率的比较用χ2检验。
2 结果
, 百拇医药
180名正常中国人DAT基因3′VNTR区基因型分布见表1,杂合度为15%。广州地区汉族人群DAT基因3′VNTR区等位基因频率及与其它人群的比较见表2。PCR产物的6%聚丙烯酰胺凝胶电泳结果见图1。
表1 180名广州地区汉族正常人DAT基因3′VNTR多态性分布 基因型
观察值
期望值
等位基因频率
10/7
10
9.25
7=0.0278
10/9
, http://www.100md.com
13
12.03
9=0.0361
10/10
153
154.01
10=0.9250
11/10
4
3.70
11=0.0111
其他
0
, 百拇医药
1.01
样本数
180
180
杂合度
15.00%
14.22%
Hardy-Weinberg平衡检验:χ2=1.1858,df=1,P>0.05
表2 不同人群DAT3′ VNTR等位基因频率的比较 种族
例数
等位基因频率
, 百拇医药
参考文献
7
8
9
10
11
高加索人*
52
-
-
0.2600
0.7400
-
, http://www.100md.com
[4]
美国黑人*
84
-
-
0.4200
0.5800
-
[4]
高加索人*
200
-
0.0025
, http://www.100md.com
0.2800
0.7150
0.0025
[5]
日本人**
107
0.0090
-
0.04200
0.9300
0.0190
[6]
, http://www.100md.com 日本人**
176
0.0171
-
0.06250
0.9119
0.0085
[7]
中国人
180
0.0278
-
0.03610
, http://www.100md.com
0.9250
0.0111
本文
*: P<0.001;**:P>0.05,(与中国广州汉族人比较)
图1 PCR扩增产物的6%聚丙烯酰胺凝胶电泳图 1:480/480bp;2:480/440bp;3:480/360bp;4:520/480bp;M:pBR322 DNA/Hae Ⅲ 分子量标记(SABC)
3 讨论
在本组广州地区汉族正常人群中DAT基因3′VNTR区10-等位基因最常见,约占92.51%,其次为9-等位基因,约占3.61%。同时,我们也检测到7-、11-等位基因。Vandenbergh等[1]在高加索人和美国黑人中还检测到3-和5-等位基因,但在本组人群并未检测到。在本组人群中,10/10纯合子基因型最常见,杂合度为15%,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,样本数据可以代表总体数据。因此,如果在某一特定的人群中,杂合性占优势,则群体之间的差异较肯定。由表2可见,本组人群DAT基因3′VNTR区等位基因分布频率与高加索人和美国黑人显著不同,但与日本人相似。提示DAT基因3′VNTR位点在不同种族间存在遗传异质性。
, http://www.100md.com
最近国外有人对帕金森病患者的DAT基因3′VNTR区多态性进行研究,发现它与帕金森病有明显的相关性[5],但是它与中国人帕金森病的关系仍不清楚。鉴于DAT基因3′VNTR区多态性有明显的种族差异。因此,很有必要研究中国人的DAT基因3′VNTR区多态性与帕金森病的关系。我们目前正对此进行研究。
本课题由卫生部临床学科重点项目基金(97040299)和广东省重点学科基金资助
参考文献
1 Vandenbergh DJ, Persico AM, Hawkins AL, et al. Human dopamine transporter gene (DAT1) maps to chromosome 5p15.3 and displays a VNTR. Genomics, 1992, 14(4)∶1104-1106.
, 百拇医药
2 Hou YP, Prinz M, Staak M. Comparison of different tests for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium of AMFLP population data. In:Bar W, Fiori A, Rossi U. eds. Advances in Forensic Heamogenetics 5. Berlin, Heideberg, New York: Springer-Verlag, 1994.511-514.
3 Botstein D, White RL, Skolnick M, et al. Construction of a genet linkage map in man using restriction fragment length polymorphism. Am J Hum Genet, 1980, 32(3)∶314-331.
, 百拇医药 4 Vandenbergh DJ, Persico AM, Uhl GR. A human dopamine transporter cDNA predicts reduced glycosylation, displays a novel repetitive element and provides racially dimorphic TaqⅠ RFLPs. Brain Res Mol Brain Res, 1992, 15(1-2)∶161-166.
5 Le Couteur DG, Leighton PW, McCann SJ, et al.Association of a polymorphism in the dopamine transporter gene with Parkinson disease. Mov Disord, 1997, 12(5)∶760-763.
6 Sano A, Kondoh K, Kakimoto Y, et al. A 40-nucleotide repeat polymorphism in the human dopamine transporter gene. Hum Genet, 1993, 91(4)∶405-406.
7 Nakatome M, Honda K, Islam MN, et al. Amplification of DAT1(human dopamine transporter gene) 3′ variable region in the Japanese population. Hum Hered, 1995, 45(5)∶262-265.
(收稿:1998-12-03 修回:1999-03-28), http://www.100md.com
单位:王建 刘焯霖 潘锡榜 510080广州,中山医科大学附属第一医院神经科;陈彪 美国帕金森病研究所
关键词:
中华医学遗传学杂志990620 人类多巴胺转运载体(dopamine transporter,DAT)在多巴胺的神经传递中起着关键作用。在突触,多巴胺通过DAT重吸收回突触前终末而终止功能。因此,DAT可能与帕金森病、Tourette综合征等有关。人类DAT cDNA已被克隆,基因定位在染色体5p15.3,并且发现在编码mRNA 3′非翻译区的基因序列中有1个40bp数目可变的串联重复序列(variable number of tandem repeats, VNTR)[1]。我们对一组广州地区汉族正常人群的DAT基因3′VNTR区多态性作了检测,并与其它人群进行了比较。
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1 材料和方法
1.1 样本的选择 180名随机选择的来自中国广州地区的汉族人,为我院门诊体检健康者,其中男102名,女78名,年龄28~83岁。
1.2 方法 参照Vandenbergh等[1]报道的方法。用PCR扩增DAT基因包含40bp重复单位的3′VNTR区和80bp的侧翼序列,确定基因型。引物序列为5′引物:5′-TGTGGTGTAGGGAACGGCCTGAG-3′和3′引物:5′-CTTCCTGGAGGTCACG-GCTCAAGG-3′。
1.3 数据处理及统计学分析 按文献[2]的方法对群体数据作Hardy-Weinberg平衡吻合度检验。杂合度按文献[3]的方法计算。不同种族间等位基因频率的比较用χ2检验。
2 结果
, 百拇医药
180名正常中国人DAT基因3′VNTR区基因型分布见表1,杂合度为15%。广州地区汉族人群DAT基因3′VNTR区等位基因频率及与其它人群的比较见表2。PCR产物的6%聚丙烯酰胺凝胶电泳结果见图1。
表1 180名广州地区汉族正常人DAT基因3′VNTR多态性分布 基因型
观察值
期望值
等位基因频率
10/7
10
9.25
7=0.0278
10/9
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13
12.03
9=0.0361
10/10
153
154.01
10=0.9250
11/10
4
3.70
11=0.0111
其他
0
, 百拇医药
1.01
样本数
180
180
杂合度
15.00%
14.22%
Hardy-Weinberg平衡检验:χ2=1.1858,df=1,P>0.05
表2 不同人群DAT3′ VNTR等位基因频率的比较 种族
例数
等位基因频率
, 百拇医药
参考文献
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高加索人*
52
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, http://www.100md.com
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美国黑人*
84
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高加索人*
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, http://www.100md.com
0.2800
0.7150
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日本人**
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0.04200
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0.06250
0.9119
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中国人
180
0.0278
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0.03610
, http://www.100md.com
0.9250
0.0111
本文
*: P<0.001;**:P>0.05,(与中国广州汉族人比较)
图1 PCR扩增产物的6%聚丙烯酰胺凝胶电泳图 1:480/480bp;2:480/440bp;3:480/360bp;4:520/480bp;M:pBR322 DNA/Hae Ⅲ 分子量标记(SABC)
3 讨论
在本组广州地区汉族正常人群中DAT基因3′VNTR区10-等位基因最常见,约占92.51%,其次为9-等位基因,约占3.61%。同时,我们也检测到7-、11-等位基因。Vandenbergh等[1]在高加索人和美国黑人中还检测到3-和5-等位基因,但在本组人群并未检测到。在本组人群中,10/10纯合子基因型最常见,杂合度为15%,基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡,样本数据可以代表总体数据。因此,如果在某一特定的人群中,杂合性占优势,则群体之间的差异较肯定。由表2可见,本组人群DAT基因3′VNTR区等位基因分布频率与高加索人和美国黑人显著不同,但与日本人相似。提示DAT基因3′VNTR位点在不同种族间存在遗传异质性。
, http://www.100md.com
最近国外有人对帕金森病患者的DAT基因3′VNTR区多态性进行研究,发现它与帕金森病有明显的相关性[5],但是它与中国人帕金森病的关系仍不清楚。鉴于DAT基因3′VNTR区多态性有明显的种族差异。因此,很有必要研究中国人的DAT基因3′VNTR区多态性与帕金森病的关系。我们目前正对此进行研究。
本课题由卫生部临床学科重点项目基金(97040299)和广东省重点学科基金资助
参考文献
1 Vandenbergh DJ, Persico AM, Hawkins AL, et al. Human dopamine transporter gene (DAT1) maps to chromosome 5p15.3 and displays a VNTR. Genomics, 1992, 14(4)∶1104-1106.
, 百拇医药
2 Hou YP, Prinz M, Staak M. Comparison of different tests for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium of AMFLP population data. In:Bar W, Fiori A, Rossi U. eds. Advances in Forensic Heamogenetics 5. Berlin, Heideberg, New York: Springer-Verlag, 1994.511-514.
3 Botstein D, White RL, Skolnick M, et al. Construction of a genet linkage map in man using restriction fragment length polymorphism. Am J Hum Genet, 1980, 32(3)∶314-331.
, 百拇医药 4 Vandenbergh DJ, Persico AM, Uhl GR. A human dopamine transporter cDNA predicts reduced glycosylation, displays a novel repetitive element and provides racially dimorphic TaqⅠ RFLPs. Brain Res Mol Brain Res, 1992, 15(1-2)∶161-166.
5 Le Couteur DG, Leighton PW, McCann SJ, et al.Association of a polymorphism in the dopamine transporter gene with Parkinson disease. Mov Disord, 1997, 12(5)∶760-763.
6 Sano A, Kondoh K, Kakimoto Y, et al. A 40-nucleotide repeat polymorphism in the human dopamine transporter gene. Hum Genet, 1993, 91(4)∶405-406.
7 Nakatome M, Honda K, Islam MN, et al. Amplification of DAT1(human dopamine transporter gene) 3′ variable region in the Japanese population. Hum Hered, 1995, 45(5)∶262-265.
(收稿:1998-12-03 修回:1999-03-28), http://www.100md.com