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编号:10260619
DNA指纹片段长度的计算方法
http://www.100md.com 《中华预防医学杂志》 2000年第2期
     作者:黎黎 方积乾 伍新尧

    单位:黎黎(510089 广州市 中山医科大学卫生统计教研室);方积乾(510089 广州市 中山医科大学卫生统计教研室);伍新尧(法医学系)

    关键词:

    DNA指纹片段长度的计算方法 DNA指纹实验得到的原始数据是各DNA片段在凝胶上的迁移距离,而我们通常感兴趣的则是各DNA片段的长度,因此需要通过迁移距离来计算其片段长度。由于DNA片段越长,在凝胶上的迁移距离越短,将一组已知长度的标记(marker)在一块凝胶上电泳就为这块凝胶提供了校正的手段。如果将长度标记简单地用于鉴别与之迁移同样距离的其他片段,则几乎不存在什么问题。但如要估计与之迁移距离不同的其他片段的长度,则需要采用一些其他的计算方法。

    一、材料与方法

    本实验采用片段长度已知的标记λ-DNA/ECoRⅠ+ HindⅢ作为实验材料。选取长度为125 bp~5 148 bp范围内的12条片段进行研究。取1 μg DNA长度标记λ-DNA/ECoRⅠ+ HindⅢ,与1 μl上样缓冲液混匀后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳(电泳时间16 h,每厘米电压8~10 V,电泳缓冲液0.5×TBE)、银染色后采用凝胶专用分析软件Phoretix 1D standard 3.0分析,得到各标准DNA片段的迁移距离,共100例样本。
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    二、结果与分析

    迁移距离与片段长度间的关系不是线性的,除非在非常小的范围内(图1)。因此仅简单地给标准片段画一个标准曲线不能令人满意。长度标记对迁移距离的非线性拟合可用于计算片段长度[1]t11601.gif (2100 bytes)

    图1 DNA片段长度与迁移距离的关系

    由于许多因素的影响,如凝胶不均匀、温度及电压的波动、电极缓冲液中的离子强度、溶液pH值的波动等均导致DNA片段长度的迁移距离与通过简单的理论模型得到的估计值不同[2]。将凝胶迁移距离转换成相应的片段长度的方法对于凝胶电泳中DNA片段长度测量的精确程度有重要的影响。
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    我们曾采用指数曲线、对数曲线和双曲线等6种目前较为常用的模型[3],分别对实验数据进行拟合,效果均不理想。其中,常用的指数曲线模型拟合的误差分布有明显的趋势;对数曲线模型的误差在个别点处过大,双曲线模型的误差在分子量较小处较大,而在分子量较大处较小,与理论背景不符。因此均不能用于计算片段长度。

    为改善拟合效果并考虑到DNA指纹数据中迁移距离与片段长度之间的关系,采用以下模型拟合,即:Ln(L)=a0+a1m。拟合曲线见图2。t11602.gif (2326 bytes)

    图2 片段长度与迁移距离的拟合曲线

    改进模型的误差图见图3。误差分布无特定的趋势且较小,与常用的6种模型相比,作者采用的模型拟合的效果有明显提高。t11701.gif (3025 bytes)
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    图3 改进后拟合模型的误差图

    三、讨论

    DNA指纹技术的出现使法医生物学的发展进入了一个全新的阶段,而片段长度的计算是对DNA指纹实验结果进行分析的前提和基础,其计算方法的优劣直接影响结果的准确性,如果选用的方法不当,则会人为地造成错误。因此必须谨慎地选用拟合模型。本文采用目前较为常用的6种拟合模型对实验数据进行分析,发现结果并不能令人满意。因此采用改进模型,其拟合效果较其他方法有明显的提高。

    基金项目:国家自然科学基金资助(39770676)

    参考文献

    [1]Elder JK, Amos A, Southern EM,et al. Measurement of DNA length by gel electrophoresisⅠ. Improved accuracy of mobility measurements using a digital microdensitometer and computer processing. Anal Biochem,1983,128: 223-226.

    [2]杨庆恩. DNA在法庭科学中的应用. 北京:中国人民公安大学出版社,1994. 85-86.

    [3]Elder JK,Southern EM. Measurement of DNA length by gel electrophoresis Ⅱ. Comparison of methods for relating mobility to fragment length. Anal Biochem, 1983, 128:227-231.

    收稿日期:1999-05-31, 百拇医药