龙骨马尾杉环阿屯醇合成酶(HcCAS1)基因的克隆和生物信息学分析(3)
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3.3.2二级结构及结构域预测二级结构在线预测(http：//www.predictprotein.org/)结果表明HcCAS1蛋白的二级结构中α螺旋占45.97%，β折叠占4.10%，无规卷曲占49.93%。
InterProScan的保守结构域在线预测和SWISSMODEL中二级结构预测和结构域分析结果表明该基因编码的蛋白在96～748位氨基酸位点有1段非常保守的鲨烯环化合成酶的保守结构域。同时HcCAS1具有5个重要位点：在 145～188位氨基酸，584～626位氨基酸，633 ～688位氨基酸为3段重复位点，具有异戊烯转移酶结构域序列，表明该基因编码的蛋白可能参与催化2，3氧化鲨烯，385～752位氨基酸，7～356位氨基酸位点为萜类环化酶(terpenoid cyclases)结构域。
在SWISSMODEL依据保守结构域作图工具中，由于目前已经解析结构的CAS 蛋白信息有限，而在植物中还没有成功获得CAS蛋白的三维鉴定，以已解析的人类的CAS蛋白(1w6jA)为模板预测了龙骨马尾杉HcCAS1蛋白的三维结构。龙骨马尾杉HcCAS1蛋白第5～755个氨基酸参与建模，与模板1w6jA的序列相似性为33.6%，E值为0。对HcCAS1的保守结构域的三维结构建模，结果表明其squalene结构域非常保守，见图2。
图2HcCAS1蛋白保守结构域预测的三维模型
Fig ......
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