2.4 C4H的生物信息学分析

    2.4.1 C4H蛋白的理化特性分析 基因编码蛋白的理化性质预测采用ExPASy Proteomics Server 提供的在线工具Protparam (http：//www.expasy.ch/tools/protparam.html) [10]。

    2.4.2 C4H跨膜区及三维结构预测 采用TMHMM 2.0进行跨膜结构域预测； 采用SWISS-MODEL (http：//swissmodel.expasy.org/) 进行蛋白质二级结构分析；采用Phyre(http：//www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre)进行结构域的三维建模^[11-12]。

    2.4.3 进化树分析 将C4H翻译的氨基酸序列与NCBI 数据库中的C4H氨基酸序列在线BLAST比对， 通过MEGA4软件构建Neighbor-joining系统进化树。进化距离的计算采用泊松校正法，Bootstrap重复次数为1 000次^[13]。

    2.5 白木香C4H基因在不同伤害处理时间的表达分析

    实时荧光定量PCR (real-time PCR) 为了明确C4H 基因在不同组织及不同伤害处理下的表达特性 ......