药物靶标预测技术在中药网络药理学中的应用(3)
2基于受体的靶标预测
基于受体的靶标预测方法主要是反向分子对接(reverse molecular docking)，通过分子对接来预测配体与受体相互结合形成稳定络合物的最优取向，基于打分函数(scoring functions)反映配体与受体之间的亲和力(binding affinity)。对接过程模拟的主要相互作用力有氢键及电引力、极性作用、范德华力等。最终目标是寻找配体与受体结合的最优构象，使得系统的自由能达到最低[23]。陈宇综等[24]在2001年基于DOCK中的算法开发了反向分子对接软件INVDOCK，同时建立了其靶标数据库即therapeutic targets database(TTD)，该数据库包含了1 894个已经验证的或者处于临床研究的具有三维结构的蛋白质靶标。李洪林课题组[25]基于反向对接开发了可识别潜在靶标的网络计算服务平台——TarFishDock，通过在靶标三维结构数据库PDTD[26]中搜索，来预测活性化合物的潜在靶标。idTarget[27]是台湾大学生物信息学课题组开发的一种内含 7 864 个靶点的免费在线服务器 ......
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基于受体的靶标预测方法主要是反向分子对接(reverse molecular docking)，通过分子对接来预测配体与受体相互结合形成稳定络合物的最优取向，基于打分函数(scoring functions)反映配体与受体之间的亲和力(binding affinity)。对接过程模拟的主要相互作用力有氢键及电引力、极性作用、范德华力等。最终目标是寻找配体与受体结合的最优构象，使得系统的自由能达到最低[23]。陈宇综等[24]在2001年基于DOCK中的算法开发了反向分子对接软件INVDOCK，同时建立了其靶标数据库即therapeutic targets database(TTD)，该数据库包含了1 894个已经验证的或者处于临床研究的具有三维结构的蛋白质靶标。李洪林课题组[25]基于反向对接开发了可识别潜在靶标的网络计算服务平台——TarFishDock，通过在靶标三维结构数据库PDTD[26]中搜索，来预测活性化合物的潜在靶标。idTarget[27]是台湾大学生物信息学课题组开发的一种内含 7 864 个靶点的免费在线服务器 ......
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