川牛膝CoObgC基因克隆、亚细胞定位及表达分析(2)

http://www.100md.com 2016年7月15日 《中国中药杂志》2016年第14期

     2.3CoObgC蛋白的生物信息学分析

    引物序列设计均在Primer 30在线设计；运用GeneWise(http：//wwwebiacuk/Tools/psa/genewise/)分析基因组数据(未公布)经测定的基因序列在BLAST上进行同源序列比对；拼接后的全长基因序列利用ORF Finder (http：//wwwncbinlhnihgov/gorf/gorfhtml)查找开放阅读框，并通过ExPASy(http：//webexpasyorg/translate/)转换为氨基酸序列。利用ProtParam(http：//webexpasyorg/cgibin/protparam/protparam)在线预测蛋白质相对分子质量、理论等电点、蛋白质稳定性以及疏水性等性质；通过SOPMA(https：//npsaprabiibcpfr/)在线预测蛋白质二级结构，运用BLAST(http：//blastncbinlmnihgov/Blastcgi)和SWISSMODEL(http：//wwwswissmodelexpasyorg/Interactive)分别预测蛋白质保守域和结构域三维建模；通过ClustalX和MEGA 5.1软件进行同源序列比对并通过氨基酸序列构建系统进化树 ......