基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析(3)
15基因的表达水平及表达差异分析Illumina HiSeq 4000测序平台得到的reads一般较短、插入删除错误较少，因此选择短序列比对软件Bowtie (http：//bowtiebio. sourceforge. net/index. shtml)完成两两样本间的转录组数据比对；利用bowtie的比对结果，使用软件RSEM(http：//deweylab. biostat. wisc. edu/rsem/)计算3个样品比对到每个基因上的read count数目，然后对其极性FRKM转换，进而获得不同样本基因的表达水平[15]；根据RSEM得到的gene read count，使用软件edgeR(http：//www. bioconductor. org/packages/2. 12/bioc/html/edgeR. html)进行样品间的差异基因分析。为了进一步研究道地与非道地产区“凤丹”根皮中差异表达基因的富集水平，使用软件Goatools(http：//github. com/tanghaibao/GOatools)对样品间差异表达基因进行GO库注释的分类统计和功能富集分析 ......
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