用斑马鱼诱导出器官特异性的炎症反应，建立相应疾病模型，将有助于研究疾病发生过程及筛选潜在治疗药物。较成功的例子包括在成体[77]和幼鱼[78，79]中建立结肠炎模型和皮肤炎症模型[80]。WHIM综合征是由功能获得性突变的CXCR4趋化因子受体引起，病人出现皮肤疣，血液中丙种球蛋白过少，易受感染及先天性缺乏骨髓粒细胞等病症。如果变异的CXCR4在斑马鱼中性粒细胞中表达，可导致中性粒细胞滞留在产生部位。即使出现急性炎症反应，中性粒细胞也无法到位[81]。这一模型重现了人类WHIM综合征中观察到的一些特征，使得在体实时观察病变过程成为可能。还有一个重要的进展是囊性纤维化跨膜传导调控蛋白CFTR在斑马鱼中被敲除，导致斑马鱼对Pseudomonasaeruginosa感染出现独特敏感性[82]，模拟了人CFTR患者易感病症。

    除了利用器官特异性炎症反应外，MiguelAllende实验室还建立了一种新的启动免疫反应的方法：化学诱导中性粒细胞炎症反应(ChIN)。在他们的实验中，暴露在铜离子中的侧线细胞损伤，可引起即时、自发的嗜中性炎症反应[83]。这一模型与人工诱导炎症反应的方法(如无菌的组织损伤)相仿，从而使抗炎症化合物自动化筛选成为可能[84] ......