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编号:13850116
基于网络药理学探讨鹿茸对肾细胞癌的作用机理(1)
http://www.100md.com 2019年9月1日 《中国保健营养》 201909
    

【摘 要】目的:利用网络药理学探讨鹿茸治疗肾细胞癌的作用机理。方法:通过网络药理学分析平台(BATMAN-TCM)数据库筛选鹿茸所对应的靶标基因,通过GeneCards数据库筛选肾细胞癌的靶标基因,通过Venny2.1数据库获得鹿茸对肾细胞癌的相关靶点,利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,利用 David6.8数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果:从鹿茸中筛选获得包括17-β-雌二醇、氨基葡萄糖、三磷酸腺苷、视黄醇等14 个化学成分及 303 个靶点。鹿茸作用于肾细胞癌的靶点有20个,主要靶点包括连环蛋白β1、转化生长因子β1、肿瘤坏死因子、干扰素γ、雌激素受体1、基质金属蛋白酶9、趋化因子受体等。利用 David6.8数据库进行GO分析得到143个生物学过程,13个细胞组成,26个分子功能,通过 KEGG 分析富集得到34条通路。结论: 本研究基于网络药理学分析得出鹿茸的有效化学成分,初步预测了鹿茸作用于肾细胞癌的靶点并初步揭示了鹿茸对肾细胞癌的作用机制,为肾细胞癌的治疗提供了更多可能。

    

【关键词】鹿茸;肾细胞癌;网络药理学;作用机理

    

【中图分类号】R29 【文献标志码】A 【文章编号】1004-7484(2020)09-0268-02

    肾细胞癌是起源于肾实质泌尿小管上皮系统的恶性肿瘤,又称肾癌、腺癌,大多数肾癌是透明细胞癌。肾细胞癌是肾脏最为常见的肿瘤,约占肾肿瘤总数的75%-80%,约占全部成人恶性肿瘤的2% ~3%,发病年龄多在40-60岁。肾细胞癌发展到晚期,会转移至肺部及骨骼。

    鹿茸是一种名贵的中药材,其表面覆盖毛发,内部由结缔组织、软骨、血管与大量神经纤维组成。鹿茸首于 《神农本草经》 ,列为中品,其性温,味甘、咸,归肝、肾经,具有壮肾阳、益精血、强筋骨等功效。鹿茸是唯一能够完全再生的哺乳动物组织。《本草纲目》记载,鹿茸具有治疗肾阳不足、精血亏虚、阳痿滑精、宫冷不孕、神疲、畏寒、眩暈、耳鸣、耳聋、等功效。中药成分具有“多成分、多靶点”的特点,而网络药理学研究药物系统性、整体性的特点,与中医药辨证论治的原则不谋而合。

    1.材料

    STRING数据库、BATMAN-TCM数据库、GeneCards 、Venny2.1工具、David 6.8数据库、GraphPad Prism 7.0 软件、OmicShare数据库等。

    2.方法

    2.1鹿茸的化学成分收集与靶点预测

    利用中药分子机制生物信息学分析平台BATMAN-TCM 挖掘鹿茸的化学成分,通过该服务器的 “成分-靶点相似性”原理,设置阀值 “Score cutoff =30”,计算化学成分对应的潜在靶点。

    2.2肾细胞癌潜在作用靶点的筛选

    在GeneCards数据库中,检索肾细胞癌相关靶点,输入“renal cell carcinoma”,按“Relevance score”排序取前200 个靶点作为肾细胞癌疾病的候选靶点。

    2.3鹿茸靶点与肾细胞癌靶点关联分析

    利用Venny2.1工具将鹿茸的化学成分靶点导入到“List1”,将肾细胞癌相关靶点导入到“List2”中进行交集比对,最终获得鹿茸对肾细胞癌的相关靶点。

    2.4靶点相互作用网络图的构建与分析

    利用STRING数据库平台构建靶点蛋白互作网络,设置物种为“Homo sapiens”进行操作,将最低相互作用阀值设为中等“medium confidence = 0. 4 ”。

    2.5 GO生物过程富集

    在David 6.8数据库中,依次选择 “OFFICIAL-GENE-SYMBOL”、“Gene list”、“Submit list”,修改背景为“人类”,选择“Gene Ontology”,分别勾选“生物过程” 、“分子功能 ”、“细胞成分” ,将得到的数据导入GraphPad Prism 7.0 软件进行GO分析,得到鹿茸对肾细胞癌作用靶点的GO分析结果。

    2.6 KEGG信号通路分析

    在David6.8数据库中,依次选择“OFFICIAL-GENE-SYMBOL”、“Gene list”、“Submit list”,修改背景为“人类”,选择“Pathway-KEGG”,将得到的数据导入到OmicShare数据库中进行KEGG分析,得到鹿茸对肾细胞癌作用靶点的KEGG分析的气泡图。

    3.结果分析

    3.1鹿茸的化学成分收集与靶点预测

    利用BATMAN-TCM数据库共挖掘到鹿茸有效化学成分14个(如表1),对应的潜在靶点363个,经删除重复项后得到303个潜在靶点,其中包括ABAT、BCL3、COX1、DAO、ESR1、FABP6等。

    3.2肾细胞癌相关靶点的筛选

    在GeneCards数据库中,检索肾细胞癌相关靶点,输入“renal cell carcinoma”共得到7776个相关基因,按“Relevance score”排序取前200 个靶点作为肾细胞癌疾病的候选靶点,见表2(仅列出relevance score前10 个)。

    3.3鹿茸靶点与肾细胞癌靶点关联分析

    利用Venny 2.1工具将鹿茸靶点与肾细胞癌靶点关联分析,最终获得20相交靶点,包括CTNNB1、TGFB1、TNF、 IFNG 、ESR1 、SLC2A1 、MMP9 、CXCR4等。, 百拇医药(吴玲玲 高宏君 蒋鹏 武桢 周杰彬)

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