蛋白质序列的矩阵图谱表达
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2011年2月1日
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张堃 赵静静 唐旭清 江南大学理学院;
【摘要】基于经典HP模型,利用蛋白质序列的矩阵图谱表达法(MGR)及数值刻画的思想提出了一种新的蛋白质序列的比对方法,通过观察蛋白质序列的数值刻画图及计算两蛋白质序列之间的欧氏距离d,对木聚糖酶两家族的蛋白质序列进行了相似性分析.发现被划分为同一木聚糖酶家族的蛋白质序列之间的相似性更大,而且蛋白质序列的相似性程度与分子大小、结构和分子进化相关.
【关键词】 经典HP模型 矩阵图谱表达 相似性 木聚糖酶
【基金】江南大学创新团队发展计划(PIRTJiangnan)资助 财政部专项“外来物种环境风险评估技术研究”资助(200709017)
【分类号】Q51
木聚糖酶是可将木聚糖降解成低聚木糖和木糖的一类酶的总称[1~3],其主要分为F/10和G/11两个家族.当前木聚糖酶广泛应用于工业领域,如制浆造纸、饲料加工、酿酒、烘焙食品、制备功能性低聚糖、临床、环境保护等领域.然而工业生产条件往往比较苛刻,使得木聚糖酶的利用受到极大
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