产甲烷常温古细菌和嗜热古细菌代谢网络拓扑结构与功能间的关联性研究
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2011年3月1日
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参见附件。
陈璟 丁彦蕊 须文波 江南大学物联网工程学院;工业生物技术教育部重点实验室;
【摘要】根据从KEGG数据库获得的产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络,通过不同的网络属性特征的比较,发现常温古细菌MAC的代谢网络比嗜热古细菌MKA有更长的平均路径长度,更大的直径,这表明常温古细菌MAC的总体结构是相对低密度、松散的网络结构.同时为了从系统水平上分析这些特征蕴含的功能意义,采用了Grivan和Newman提出的模块算法(简称GN算法)分析这两个生物体的功能模块,并将所得的结果与KEGG数据库中的途径信息进行比较研究,发现大部分模块对应2~4个KEGG途径,表明这些网络模块均具有一定功能意义.
【关键词】 代谢网络 古细菌 产甲烷菌 社团结构 模块性 GN算法
【基金】国家自然科学基金资助项目(21001053) 中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(JUSRP11126)
【分类号】Q93
近年来,基因组的进展以及代谢途径数据库的发展,使通过完整的注释基因组来重构代谢网络,并从系统水平上比较代谢网络成为可能,同时通过代谢网络的拓扑属性来识别其关键的结构属性也成为了一个研究方向[1].产甲烷菌属于古细菌的水生古细菌门(Eur-yarchaeota),可将无机或有机化
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