一种新的非翻译区剪接位点识别方法
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2012年1月1日
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吕俊杰 王科俊 冯伟兴 王鑫 哈尔滨工程大学自动化学院;剑桥大学癌症分子研究中心;
【摘要】为提高非翻译区剪接位点识别的精度,提出一种统计概率与支持向量机相结合的识别方法 .该方法主要分为两个阶段,第一阶段应用统计学方法对非翻译区(UTR)序列进行描述,将序列中各碱基之间的相关性、位置特异性、保守性等特征用概率形式描述,以概率参数作为第二阶段支持向量机的输入向量,第二阶段应用带有多项式核函数的支持向量机(SVM)对剪接位点进行识别.通过对人类5′UTR剪接位点数据集进行测试,结果表明:该方法对非翻译区剪接位点的识别取得了很好的效果.
【关键词】 剪接位点 非翻译区 剪接序列
【基金】国家自然科学基金资助项目(61071174) 国家“863”高科技资助项目(2008AA01Z148) 中央高校基本科研业务费专项资金资助项目(HEUCFT1102)
【分类号】Q752
基因非翻译区(UTR)不会被翻译成蛋白质,但是它对基因的表达有着重要的调控作用,研究表明[1～3]:UTR的突变和活性,可能和多种疾病甚至癌变相关[4].为了进一步了解基因的调节机制,开发基因疾病新疗法,弄清癌症发生的机理并研发其治疗措施,有必要对基因UTR的机制与功能进行深入
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