短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析
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2013年4月1日
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参见附件。
姜毅 罗野婯 刘沅 郑新娟 孙远东 袁志栋 湖南科技大学生命科学学院;
【摘要】目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均位于编码基因的间区,同时除部分外,新发现的miRNA基因可以归类到31个已知的miRNA家族.最后,计算分析了保守的新发现的39个miRNA基因的靶基因及其功能.
【关键词】 miRNA BLAST 比较基因组学 短尾负鼠
【基金】国家自然科学基金青年项目(31100914) 湖南省普通高等学校教学改革研究项目(教育厅批准号220) 湖南科技大学博士启动基金资助项目(E51178)
【分类号】Q953
microRNA(miRNA)是一类内源性的、长度约为22个核苷酸的非编码小RNA,它在生命活动中发挥重要的调控作用[1].1993年,Lee等[2]在秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中意外地发现了一个能时序地调控胚胎后期发育的miRNA,即lin-4.2000年以后,随着相关生物信息学与生物实验技术
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