柯萨奇病毒B4型VP1蛋白的生物信息学分析①
表位,胰岛,位点,1资料和方法,1CVB4VP1氨基酸序列获取和生物信息工具,2CVB4VP1蛋白的基本理化性质分析,3CVB4VP1蛋白的结构功能和B细胞线性表位预测,2结果,1CVB4VP1的氨基酸组成,2CV
陈泳蓓，陆俏岑，何韵怡，陈柏希，吴 岳，刘洪波③(桂林医学院a.第二附属医院检验科；b.临桂临床医学院，广西 桂林 541199)
肠道病毒被认为是引起1型糖尿病(type 1 diabetes mellitus，T1DM)的主要致病因素之一，其中以柯萨奇病毒B4型(CVB4)最为常见[1]。研究表明，CVB4感染与T1DM发病存在相关性，但CVB4致T1DM的机制仍未明确。1979年，Yoon等[2]从1名T1DM患者的胰腺组织中分离出CVB4，随后在T1DM患者中发现了CVB4的结构蛋白VP1[3]。因此，认为VP1蛋白可能是CVB4引起T1DM的重要分子和CVB4功能和表位所依托的分子[4]。笔者以从胰岛中分离得到的CVB4株的VP1蛋白作为研究对象，对其进行生物信息分析，预测其基本理化性质、相关功能结构以及B细胞线性表位，为肠道病毒引起T1DM的机制研究提供生物信息学基础。
1 资料和方法
1.1 CVB4 VP1氨基酸序列获取和生物信息工具
从NCBI数据库(https：∥www.ncbi.nlm.nih.gov/)下载28条CVB4全长氨基酸序列，并以新发T1DM患者胰岛中分离得到的CVB4 Tuscany株[3](登录号为ABF19105.1)VP1蛋白为研究对象，利用Bioedit、DNAstar、B细胞线性表位预测在线服务器ABCpred(https：∥ webs.iiitd.edu.in/raghava/abcpred/ABC
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