中医与西医有着截然不同的自然观，我国著名哲学史家张岱年对比了中国的元气论与西方的原子论，他说：“西洋哲学中之原子论，谓一切气皆由微小固体而成；中国哲学中元气论，则谓一切固体皆是气之凝结”[5]。

    2.2中西医学研究方法的不同

    和中西医学不同的自然观相呼应的是中西医学不同的研究方法，中医的研究方法以整体研究、功能研究为主，西医以局部研究、形体研究为主。中医以人体为一整体来研究，人体的各个部分是有机地联系在一起的，一旦互相分离，便失去了原来的意义，如唐宗海所说：“西医剖割视验，止知其形，不知其气，以所剖割，只能见死尸之形，安能见生人之气化哉!”(中西医汇通医经精义•人身阴阳)中医不是用解剖的方法来阐明人体功能活动的机制，而是运用取象比类等方法，从人体的外在功能现象揭示内脏的功能活动规律。和中医不同的是，西医从解剖形态研究入手来认识人的健康与疾病，从生物、物理、化学等方面寻找致病因子。西医认识疾病的焦点体现在解剖形态的器质性病变上，注重局部定位及病变的病理解剖根据，西医常常从解剖形态的异常来解释疾病。西医的生物医学模式认为:“人体是可被分成部件的机器，疾病是生物装置在机能上出了毛病，这可以从细胞或分子水平上加以研究，医生的职责是通过物理或化学手段纠正这种装置的机能故障”[8]。

    中西医学在各自历史的发展中，的的确确形成了各自的独特范式，在各自的范式支配和指导下，中西医学家各忙各的，他们在各自的群体中进行医学研究。根据库恩的范式理论中西医学显然都达到了成熟科学的标准。民国时期，中西医两种范式共存，由于范式的不同，医学家都试图证明两种医学孰优孰劣 ......