基于铁死亡相关基因的生物信息学分析构建肺鳞癌预后模型研究
高风险,1资料与方法,2结果,3讨论
胡文龙,梁惠芳,李 明(暨南大学附属顺德医院呼吸内科,广东 佛山 528000)
肺癌作为我国最常见的肿瘤之一,在男性肿瘤中的发病率和致死率均居首位[1]。肺癌的主要类型是非小细胞肺癌(NSCLC),其所占比例为85%~90%,而肺鳞状细胞癌(简称肺鳞癌)是NSCLC第二常见病理亚型[2]。由于肺鳞癌缺乏早期诊断和预后的生物标志物,且易发生局部浸润和转移,肺鳞癌患者中多数人5年生存率低于15%[3]。因此,通过肺鳞癌预后相关的生物标志物对肺鳞癌患者的预后情况进行早期评估,对于肺鳞癌患者的预后及治疗尤为重要。
铁死亡是程序性细胞死亡的形式之一,其主要特点是发生在线粒体内的铁依赖性脂质过氧化物损伤诱导了细胞的死亡[4]。铁死亡与阿尔兹海默病、急性肾损伤、心肌缺血再灌注损伤、肿瘤的增殖和凋亡等多种疾病的发生、发展密切相关[5]。肺癌组织中普遍存在着更高的活性氧和脂质氧化标志物水平,这提示肺癌细胞中可能存在铁死亡。CHEN等[6]研究表明,毛兰素可以诱导肺鳞癌细胞铁死亡,并伴随ROS聚集、脂质过氧化和谷胱甘肽耗竭,抑制肿瘤细胞迁移从而达到抗癌的目的。此外,JIANG等[7]研究也表明,诱导细胞铁死亡也是p53抑制肺癌生长的重要途径,但铁死亡的调控是由多个氧化应激途径和代谢途径共同作用,因此铁死亡相关基因在肺癌发生中起到重要作用。为探索可靠的铁死亡相关基因对于肺鳞癌预后评估的意义,本研究拟通过分析TCGA数据库中肺鳞癌的高通量测序数据,筛查出差异表达的铁死亡相关基因,并加以分析构建临床预后模型,为肺鳞癌患者提供个体化治疗和预后评估方面的依据。
1 资料与方法
1.1一般资料 2020年9月从TCGA官方网站下载(https://gdc-portal.nci.nih.gov/)肺鳞癌患者肿瘤组织和癌旁组织的mRNA高通量测序数据及临床资料。使用R软件中的Limma包对测序的基因表达谱做归一化。下载的数据内容有肺鳞癌患者的两类mRNA表达数据,包括502例肿瘤组织和49例癌旁组织。临床数据包含了502例肺鳞癌患者ID号、年龄、性别、病理分期、生存时间、生存状态等临床信息,为了减少统计学误差,剔除生存时间少于30 d的患者信息,最终纳入482例肺鳞癌患者。TCGA数据都是公开的,因此本研究免除了地方伦理委员会的批准。
1.2方法
1.2.1代谢相关基因提取和处理 下载并阅读PubMed、EMBASE、Web of Science、万方数据库中国知网 ......
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