反亚油酸诱导人脐静脉内皮细胞的转录组学及生物信息学分析
反式,1材料与方法,1材料与试剂,2仪器与设备,3试验方法,2结果与分析,1基因表达分析结果,2生物信息学汇总分析,3GO分析,4KEGG通路分析,5PPI基因互作分析,3结论
邱 斌 刘 玮 刘丽娜 宗爱珍 贾 敏 徐同成(山东省农业科学院农产品研究所 山东省农产品精深加工技术重点实验室农业部新食品资源加工重点实验室 济南 250100)
食品中的反式脂肪酸主要是植物油在工业氢化加工过程中产生的,这类产品主要以氢化植物油为主,其反式脂肪酸含量在40%以上[1]。有研究报道,反式脂肪酸是动脉粥样硬化和冠心病的诱导因素[2-4]。研究发现,反式脂肪酸摄入与多个内皮损伤因子过量表达成正相关,如细胞间黏附因子-1,细胞内黏附因子-1,E选择素等[3-5]。另外,研究还发现反式脂肪酸与炎症因子(包括白介素-6和C-反应蛋白)的激活呈正相关[6]。反亚油酸(9t,12t-C18:2)在反式脂肪酸中含量高达 25%,它的摄入对于研究反式脂肪酸的危害有重要意义。与反油酸相比,反亚油酸在9和12位有两个反式双键,其生物活性比反油酸高,参与的生物进程也更复杂[7]。前期有研究报道,反亚油酸通过caspase、NF-κB等信号通路导致内皮细胞和肝癌细胞发生损伤和凋亡[8-9]。作者采用转录组学的手段研究反油酸(C18:1)对内皮细胞相关基因及其信号通路的影响[10]。鉴于当前国内外尚无关于反亚油酸诱导内皮细胞相关RNA、信号通路等变化的研究报道,本研究通过反亚油酸(9t,12t-C18:2)单体诱导内皮细胞,探寻其通过哪些靶基因及其相关信号转导通路作用于内皮细胞,为研究反式脂肪酸与人体动脉粥样硬化等心血管疾病提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 材料与试剂
人脐带静脉内皮细胞HUVECs,山东大学药学院惠赠。
总RNA提取试剂盒,中国天根生化科技(北京)有限公司;TruseqTM RNA sample prep Kit试剂盒,美国Illumina公司;TBS380 Picogreen试剂盒,中国北京索莱宝科技有限公司;Certified Low Range Ultra Agarose,美国Bio-Rad公司;cBot Truseq PE Cluster Kit v3-cBot-HS试剂盒、Hiseq-Truseq SBS Kit(300cycles)试剂盒,美国Illumina公司;高糖DMEM培养基、胰蛋白酶、胎牛血清,美国赛默飞 Gibco公司;9t,12t-C18:2(反式-9,12-十八碳二烯酸),美国Sigma公司。
1.2 仪器与设备
Eppendorf AG CO2培养箱,美国Sheldon公司;2K15型冷冻离心机 ......
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