医改提出“加强监管、加大对公立医院投入、改革公立医院补偿机制、建立公立医院绩效考核和激励制度”的要求，北京市卫生局在公立医院绩效考核及补偿制度改革等方面开展了积极有效的探索，并取得了一定的成果。

    补偿机制改革是公立医院改革的重中之重，开展以强化医院内部管理和为改革财政补偿与价格调整奠定基础为目标的成本核算工作，是公立医院改革的重要组成部分。

    以改革财政补偿为目标的成本核算

    北京市医疗机构成本核算工作共分为两个阶段，第一阶段是从2005年开始，先后在全市57家市、区两级政府所属二、三级医疗机构开展了科室全成本核算。第二阶段是从2008年开始，先后在市属20家医院启动了医疗服务项目成本核算工作，到2010年，全年产出28284个医疗项目的成本数据，经过每年对产出数据进行分析，可以得出北京市市属医院目前医疗项目成本的平均状况，同时，奠定了两个基础，一是财政补偿改革，二是价格调整。医疗服务价格的确定要遵循成本定价规律，我们可以以医疗服务项目成本为基础，适当上调涉及技术劳务类项目的价格、下调大型设备项目的价格、制定各类医疗服务项目之间合理的比价，使价格体现价值，实现其经济杠杆功能。以医疗项目成本为基础归集建立病种成本核算，便于探索按病种付费等收费方式改革。

    探索新型财政补偿机制并开展试点

    通过开展医疗项目成本核算工作，确定了医院政策性亏损，同时结合国家医改方案中确定的有关政策，北京市卫生局提出了公立医院财政补偿机制改革方案。

    原有的补偿政策主要包括对公立医院的基本经费补偿和专项经费补偿两大类, 也可归类为定额补偿和定项补偿两种。这种补偿机制的主要缺陷：一是补偿不足，给医院正常运转带来较大压力，造成近50%的医院补偿后仍然亏损；二是无法体现激励机制，无法实现财政资金的杠杆作用。

    新的补偿机制将医院的补偿分成三类，即：经常性补偿、鼓励性补偿、专项补偿 ......