人食管鳞癌中CCNYL1启动子区甲基化研究(1)
[摘要] 目的 筛选在食管鳞状细胞癌(ESCC)发病过程中异常甲基化基因，为治疗提供潜在靶点。 方法 采用简化的、具有代表性的DNA甲基化测序(RRBS)及基因表达谱芯片分析7例ESCC患者癌组织及其癌旁DNA甲基化水平和mRNA表达水平。将甲基化差异基因及表达差异基因用DAVID工具进行功能富集分析，筛出甲基化与表达负相关基因。对候选基因进行硫化测序PCR(BSP)验证获得DMR序列，采用QUMA分析软件对17对癌和癌旁甲基化差异测序结果进行分析，并对其DMR单个CpG位点的甲基化水平进行统计学分析。最后采用实时定量PCR(RT-PCR)检测候选基因表达水平。 结果 RRBS测序得到癌和癌旁差异甲基化区基因共5268个，其中689个差异甲基化区位于Promoter及CDS上。这些富集得到15条显著信号通路，包括Notch信号通路、Wnt信号通路及黏着斑信号通路等肿瘤中常见信号通路 ......
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