1.1 扩增片段长度多态性(AFLP)分析

    作为一种新的分子标记技术——AFLP技术，该技术已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。通过聚合酶链式反应(PCR)技术扩增基因组DNA特定片段，先用限制性内切酶切割基因组DNA，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列作为引物结合位点进行多态性分析。AFLP结合了限制性片段长度多态性(RFLP)和PCR技术高效性和稳定性的优点，扩增出现特定的DNA条带可以作为一种分子标记，即引物诱导及DNA扩增后得到的多态DNA。由于基因组的序列差异及酶切时产生的片段长度、大小不完全相同，不同菌株之间的差异通过扩增便能显示出来，图谱上表现为多种条带图形。可作为不同实验室之间的标准比较[3-4]。另外AFLP产量多，时间效率高，对细菌的分型和鉴定的操作重复性较强，因此，在调查公共卫生流行病学时更有代表性和权威性。然而，AFLP依赖昂贵的仪器设备与耗材，阻碍了AFLP的普及应用。

    1.2 质粒指纹图谱分析

    质粒含有多种耐药基因，是位于细菌染色体外的遗传物质。质粒分析的基本原理是根据质粒DNA电泳条带所构成的特异性图谱对质粒进行指纹图谱分析，适用于许多细菌，有助于医院感染流行病学原因调查分析。目前质粒分析方法已简化 ......