预测和鉴定蛋白质翻译后修饰的生物信息方法
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李虹 谢鹭 中国科学院系统生物学重点实验室;
【摘要】蛋白质翻译后修饰对蛋白质成熟、结构和功能多样性有决定性的作用。但蛋白质翻译后修饰的多样性、普遍性、动态性,使传统的生物化学方法在全局水平上理解翻译后修饰非常有限,对它们的研究、特别是大规模的研究长期发展缓慢。现在,在实验研究基础上,借助多方面的生物信息学方法,可以快速高通量的预测和鉴定蛋白质翻译后修饰。一方面,可以从序列角度出发,基于酶识别底物的特异性,用位点权重矩阵、支持向量机等算法,从底物蛋白质序列提取修饰相关的保守序列,并用于预测翻译后修饰位点。这种方法相对成熟,能够取得较理想的预测准确性,但不能反映不同时间不同细胞的翻译后修饰状态。另一方面,可从质谱数据分析出发,有望捕获细胞内翻译后修饰的动态特性。质谱分析的高灵敏度、高准确度和高通量的能力已使建立在质谱基础上的蛋白质组学成为研究翻译后修饰的重要工具,生物信息学方法和质谱蛋白质组学的结合则更可以加速研究翻译后修饰的进程。本文从序列和质谱分析两个角度总结评价了各种翻译后修饰相关生物信息学方法的研究近况,重点讨论利用质谱数据鉴定翻译后修饰的新思路。
【关键词】 蛋白质翻译后修饰 位点权重矩阵 质谱 生物信息 蛋白质组学
【基金】上海市科委浦江人才项目(06PJ14073)
【分类号】Q75
前言蛋白质翻译后修饰(Post-TranslationalM odification,PTM)是蛋白质发挥正常生物学功能的必要步骤,在生命体中具有十分重要的作用。蛋白质翻译后修饰通过影响基因表达,信号传导通路、细胞分裂进程等从而与肿瘤形成过程密切相关[1]。蛋白质翻译后修饰在体内是一个动态的变
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前言
蛋白质翻译后修饰(Post-Translational Modification，PTM)是蛋白质发挥正常生物学功能的必要步骤，在生命体中具有十分重要的作用。
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