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编号:13472209
青黛作用于急性幼粒细胞白血病的可视化“药靶蛋白模型”分析(3)
http://www.100md.com 2020年6月15日 《世界中医药》 202012
     2.5 可视化药靶蛋白分析 应用Sybyl X8.1中的Surflex Dock程序构建青黛活性成分与APL显著差异基因的可视化药靶蛋白模型。在PubChem数据库获取青黛活性成分的小分子文件作为配体,从PDB数据库中下载拓扑分析得出的ALP显著差异基因三维晶体结构作为受体,除去晶体分子所有的水分子和小分子配体,并加极性氢,加载电荷,构建活性口袋。再输入小分子文件,分别构建药靶蛋白模型。用配体受体亲和力的一致性评分函数进行打分,并对药靶蛋白模型进行观察、分析。

    3 结果分析

    3.1 基因比较分析 通过数据库筛选出青黛的9个活性成分。见表1。成分的作用靶基因541个。分析APL 3张芯片后,发现GSE34823含有626个差异表达基因,GSE12662含有13 481个差异表达基因,GSE995含有2 128个差异基因。Veen(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny_old/index.html)在线分析后,得到164个三芯片共同差异基因,即APL差异表达基因。见图1。将541个青黛作用靶点基因和164个APL差异表达基因比较分析 ......
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