类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞lncRNA-miRNA-mRNA 网络构建及关键基因预测
共表达,竞争性,1材料与方法,1基因表达芯片数据集的获取,2差异基因的筛查,3构建lncRNA-miRNA-mRNA网络,2结果,1芯片数据预处理,2基因差异表达分析,3l
周新朋 金晔华 张润润 何东仪1.上海中医药大学,上海 201203;2.上海中医药大学附属光华医院关节内科,上海 200052
类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种慢性炎症性疾病,以关节受累为主,引起关节软骨和骨的破坏,并最终导致关节的畸形[1]。其发病与遗传、性别、年龄、吸烟等密切相关[2]。成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)是间充质来源的、具有成纤维细胞特征的滑膜细胞,是RA 发病过程中的主要的效应细胞[3]。
人类基因组绝大部分都可以被转录,但只有一小部分(大约2%)转录为mRNA,剩余部分则转录为不同种类的非编码RNA[4]。长链非编码RNA(lncRNA)是指长度超过200 nt,但不具有蛋白编码能力的RNA[5]。lncRNA 可通过竞争内源性RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)机制,通过微小RNA(miRNA)反应元件(microRNA response elements,MREs)竞争性结合miRNA,对基因的表达进行转录后调节[6]。
本课题组在美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库(Gene Expression Omnibus ......
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