于小林 张晓梅 张艳霞

    特发性肺间质纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis，IPF)临床上一类病因尚不清楚的呈进展性、弥漫性的间质性肺病[1]，患者的中位生存期仅2～4年，发病率为每年3～9/10万[2]。目前，临床上缺乏有效的治疗手段。网络药理学是挖掘与预测药物靶标的重要方法，在探索中药复方的起效成分与作用靶点方面具有较为广泛的应用。既往的网络药理学研究中对于疾病靶点的确定存在一定的局限性，疾病靶点与临床实际的关联较为欠缺。基于临床大样本基因芯片数据，通过生物信息学手段，结合实际的临床性状与随访信息，对于中药复方的抗纤维化靶点与潜在分子机制进行探索，为进一步的研究提供思路与线索。课题组前期研究已经证实，补气活血通络方具有明确的抗纤维化作用[3]，本次研究基于改进的网络药理学方法，对具体其作用靶点进一步挖掘。

    1 材料与方法

    1.1 补气活血通络方成分获取及靶点预测

    补气活血通络方的药物组成为黄芪、金银花、当归、甘草、穿山龙、石韦、浙贝母、瓜蒌、桔梗、枳壳、红景天，通过中药系统药理学数据库与分析平台(http://tcmspw.com/tcmsp.php)获取复方中所有中药的成分，按照类药性(drug likeness,DL)≥30% 以及口服利用度(oral bioavailability,OB)≥0.18作为标准，筛选出具有潜在药物活性的成分，并获取其相应的靶点，同时删去没有靶点记录的成分。

    1.2 基因芯片数据准备

    本次研究的基因表达谱数据集来自于Gene Expression Omnibus (GEO)数据库，需要满足以下纳入标准：(1)样本来源于诊断为IPF的临床病例；(2)样本类型为肺组织活检；(3)数据类型为基因芯片得出的转录组数据；(4)单个数据集的样本量大于100例。下载符合纳入标准的数据集的表达矩阵，将矩阵合并后进行批次校正，减小系统误差。

    1.3 加权基因共表达网络的构建

    加权基因共表达网络可以从整体层面得出相似表达模式的基因模块并与临床表型相关联[4]，可以更宏观地认识基因的潜在功能。以基因芯片获取的基因表达矩阵为基础，以WGCNA包构建加权基因共表达网络 ......