基于网络药理学和分子对接技术探讨香藿喷雾剂治疗新冠肺炎的作用机制
靶点,通路,1材料与方法,1药物活性成分筛选,治疗靶点收集,2疾病靶点筛选,3蛋白相互作用网络构建,4化合物—靶点网络图绘制,5功能富集分析,6通路富集分析,7分子对接,2结果,1活性成分与靶点
曹悦 林瑞超 董汛 张柏娥 杨宏志2019年末中国突发新型冠状病毒肺炎(以下简称“新冠肺炎”),且病情发展迅速。本课题组基于前期对病毒性感冒、流行性感冒、咽炎、鼻炎等呼吸系统疾病的研究,结合新冠肺炎的临床特征研制出一款复方中成药制剂—香藿喷雾剂。其剂型为喷雾剂,该药制剂工艺主要以提取挥发油入药,既保留了传统组方的疗效,又具有使用便捷、药物可直达病所等优点。2020年4月至5月期间,本课题组运用香藿喷雾剂治疗新冠肺炎患者,结果显示该药能显著改善患者症状,临床总有效率达到了98.30%,同时具有良好的安全性[1]。
网络药理学是融合了生物学、药理学、生物信息学等多学科技术和内容的新兴学科,系统综合地预测与分析复方药物对疾病的影响,构建“药物—靶点—疾病”网络,探讨可能存在的作用机制[2-3]。本文基于前期临床研究结果,应用网络药理学对香藿喷雾剂的治疗作用机制进行预测和分析,并为后续研究提供参考。
1 材料与方法
1.1 药物活性成分筛选、治疗靶点收集
香藿喷雾剂为云南省药物研究所研发和生产,其药物规格为每瓶 20 mL,每揿含广藿香挥发油2.86 mg(相当于生药材0.143 g)、香薷挥发油1.43 mg(相当于生药材0.15 g)、艾叶挥发油1.43 mg(相当于生药材0.37 g)、丁香挥发油0.714 mg(相当于生药材0.017 g)和薄荷挥发油0.714 mg(相当于生药材0.039 g)等。在中药系统药理学数据库和分析平台(http://tcmspw.com/tcmsp.php,TCMSP)中分别输入基本药方中的6味中药名称(广藿香、苍术、香薷、艾叶、丁香、薄荷),查找各自的有效化学成分,并依据口服生物利用度(oral bioavailability OB)和类药性(drug-likeness,DL)两个参数筛选目标成分,筛选条件为同时满足OB≥30%,DL ≥0.10两个条件,获得香藿喷雾剂的活性成分。将所得化合物成分通过 TCMSP 数据库进行成分的靶点获取,通过Perl脚本, 结合UniProt(https://www.uniprot.org/)数据库,标准化每种活性成分的药物靶点,物种限于“智人”,并将靶蛋白转化为相应的基因,同时汇总删除重复项。将药物、活性成分、靶点基因相对应,再将genesymbol与之对应。
1.2 疾病靶点筛选
在DisGeNET(https://www.disgenet.org)数据库中以“Corona virus disease 2019”( 简称COVID-19)为关键词进行检索,设置Scoregda≥0.98进行筛选导出到Excel, 在GeneCards(https://www.genecards.org)数据库中,Score值越高,表示该靶点与疾病关系越密切,若靶点过多则设定Score值大于中位数 ......
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