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编号:160916
HILPDA 在胃癌中表达及与肿瘤侵袭迁移的关系
http://www.100md.com 2021年1月19日 临床合理用药杂志 2021年第24期
通路,基因,1材料与方法,2结果,3讨论
     赵雪峰,谭明,赵一杰,檀碧波

    在我国,胃癌发病率及病死率均居恶性肿瘤的前列[1],对健康危害极大,其主要原因在于约80%的患者就诊时已经存在肿瘤的进展转移[2],因此很难达到根治,这是胃癌复发转移,导致预后差的主要原因之一。胃癌进展迅速的主要原因在于胃癌细胞具有较强的侵袭迁移能力,这种能力使胃癌细胞易于突破基底膜向机体的其他部位进行迁移,这是导致胃癌转移的基础[3]。胃癌转移是一个多基因、多步骤的过程,由于其过程复杂。目前,其具体机制尚不明确。HILPDA 基因也被称为C7orf68、HIG-2、HIG2 基因,在胰腺癌、肝细胞肝癌、神经胶质瘤中表达明显增高[4-6],促进了肿瘤的进展侵袭,但HILPDA 基因在胃癌中表达情况及意义尚无报道。为了解HILPDA 基因在胃癌进展中的作用机制,本研究应用生物信息学技术检测了HILPDA 基因在胃癌及癌旁组织中的表达情况,进行了预后分析,探讨了HILPDA基因检测的临床价值。进一步验证HILPDA 基因在胃癌细胞中的作用,为确定新的胃癌预后因子及治疗新靶点提供依据,现报道如下。

    1 材料与方法

    1.1 HILPDA 基因在胃癌及癌旁组织中表达的生物信息学分析 从TCGA〔GDC(cancer.gov)〕数据库中下载胃癌项目的高通量RNA 测序(RNA-seq)患者和临床数据。TCGA 收录胃癌样本407 例,其中包含肿瘤样本375 例和癌旁样本32 例。根据要求筛选符合条件的样本:(1)基因表达量不为0;(2)临床信息完整。筛选后符合要求的样本数为402 例。使用perl 语言对下载筛选后的TCGA 数据进行初步整理,整理为R 语言可读取的矩阵文件,利用R 软件的“limma”包对提取的HILPDA 基因表达量在癌旁组织和肿瘤样本的表达进行差异表达分析。使用箱线图显示HILPDA 基因在癌旁组织和肿瘤样本中的不同表达水平。

    1.2 HILPDA 基因与胃癌患者预后的关系 从TCGA数据库下载胃癌临床数据集。使用R 包“survival”和“survminer”进行生存分析。根据HILPDA 基因的表达水平中位数值将胃癌样本分为两个子集 ......

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