药房托管是医药分业的第二个步骤，是探索医药分业的一个过程，也是为医药完全分离做准备。在医药完全分离下，医院不设门诊药房，不设药房人员编制，旨在医生只收取医疗服务费用，患者买药到社会药店，使医生和药品完全脱离接触。

    1.3 零差价财补机制

    此种机制属于折中办法，因为在现有条件下实行医药完全分开难度非常大，政府依靠财政补贴和提高诊疗费等多种方式使医院零利润销售药品，在这种机制下，医院不在药物上收取任何费用，进价即销价。2012年7月2日，北京友谊医院实行零差价财补机制试点，尽最大能力降低药价，医院药物利润由财政补贴、提高医疗服务费用以及保险机制进行弥补。这种方法虽然降低了药价，但增加了政府负担，尤其在向基层推广时会遇到更大的阻力，且没有阻断药物和医生之间联系。

    我国内地在实行医药分业的实践上，路线由简单到复杂，从简单的财务分离核算，到药房部分托管，再到全部托管以及北京友谊医院试点实行的零差价财补机制，都表明了我国政府实施并解决医药分业的态度和决心，但药房托管及财补机制都有自己的一些本质问题。例如药房托管主要依靠压缩利润空间的方式解决问题，财政补贴依靠强大财政支持补贴医院以强行降低药物价格等，虽一时切断药医关系，但随着时间推移，各利益集团迫于销售压力及各方利润诱惑会寻求突破 ......