CLCA4基因在头颈部鳞状细胞癌中的表达与其临床意义(2)
1材料与方法1.1头颈部鳞状细胞癌组织中CLCA4的信息提取
552例头颈部鳞状细胞癌患者组织样本来源于癌症和肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)(https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/),时间截止至2018年10月。下载并预处理头颈部鳞状细胞癌相关数据集的mRNA表达资料,在R语言安装edgeR包的条件下,分析CLCA4的表达情况。通过LinkedOmics(http://www.linkedomics.org/)对头颈部鳞状细胞癌分析CLCA4基因。
1.2头颈部鳞状细胞癌组织中与CLCA4相关性最高的100个基因的富集分析
头颈部鳞状细胞癌中CLCA4相关基因则通过Spearman Correlation test计算,并以热图与火山图展示。利用在线网站Metascape(http://metascape.org/)进行基因本体(GO)分析,京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。以判定预后基因主要影响的生物学功能或者通路 ......
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