在应用CT以及X线对不典型性肺结核进行诊断的过程中，还必须做好与其他常见肺部疾病的鉴别诊断：(1)与肺癌的鉴别诊断。肺癌病灶通常情况下呈分叶状，病灶周边可见大量切迹与毛刺，毛刺大多锐利且短小。而不典型性肺结核病灶大多密度分布不均匀，通常伴随钙化、空洞、周围卫星灶、肺大泡以及肺部病灶周边肺气肿等影像学改变，并且不典型性肺结核病灶多为浅分叶，毛刺大量分布于边缘，局部胸膜呈现粘连或增厚征象，可以据此与肺癌病灶进行鉴别诊断。尤其在CT增强扫描过程中清晰可见不典型性肺結核病灶较早出现浅表性干酪坏死，同时有薄壁环形增强样改变，而肺癌病灶多呈均匀性增强，利用这一影像学特征也可实现对不典型性肺结核病灶与肺癌病灶的鉴别诊断。但还需要注意的一点是：由于不典型性肺结核早期缺乏典型影像学特征，故还必须结合其他临床实验指标以综合考虑并确诊。(2)与肺炎的鉴别诊断。对于肺部炎症患者而言，CT扫描下可见病灶多局限于单叶，若CT平扫下可见病灶位于右侧上叶，甚至扩展至上叶尖段、后段范畴，密度分布不均匀，部分严重情况下可见空洞征象 ......