利福平对耻垢分枝杆菌基因的调控
差异基因,万古霉素,文库,1材料与方法,1菌株,培养基及主要试剂,2主要仪器,3刃天青法测定RIF对MSMC2155的MIC,4用1,2MIC浓度的RIF处理MSMC2155后制备RNA-seq样品,5提取MSMC2155菌株的
刘 通,杨 丽,陈 赢,唐 静,林 源,马国荣,杨延辉(宁夏医科大学基础医学院,银川 750004)
结核病(tuberculosis,TB)是一种慢性传染性疾病,亦是全球十大死亡原因之一。它的病原体是结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis,MTB)。2019年世界卫生组织发布的TB报告显示,全球约25%的人口曾感染过MTB,每年约有1000万人患TB,约145万人死亡[1]。如果诊断及时,用一线抗结核药物经过6个月的治疗,大多数肺结核患者可以治愈,但耐药TB仍然是严重的公共卫生问题。2017年新发TB患者对利福平(rifampin,RIF)耐药人数达55.8万,其中82%发展为耐多药结核病(MDR-TB)[2-4]。传统认为RIF的耐药基因主要为rpoB、rpoC、rpoA及rpoZ,但耐药形成的分子机制报道较少[5-9]。本文用Illumina HiseqTM3000高通量测序平台对1/2最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)的RIF处理前后MS MC2155的总RNA进行测序,通过比对筛选获得差异表达基因(difference expressed gene,DEG),并对DEG的功能进行聚类富集分析发现,使用RIF后能调控分枝杆菌万古霉素耐药、氧化磷酸化和共生体调节的关键基因,为进一步探讨RIF耐药机制的形成过程及寻找潜在的新型抗耐药MTB的靶标奠定了基础。
1 材料与方法
1.1 菌株、培养基及主要试剂
MS MC2155由中国医学科学院医药生物技术研究所肖春玲研究员惠赠。7H9、7H10培养基、OADC(美国BD公司);RIF、刃天青(北京博奥拓达科技有限公司)。
1.2 主要仪器
37℃培养箱(上海琅玕实验设备有限公司,HF240);酶标仪(Thermo Scientific-Multiskan GO);紫外分光光度计(上海光明电子仪器厂,721型);台式高速冷冻离心(德国Eppendorf公司,5424 R);生物安全柜(Heal Forec力康生物技术有限公司,900B2);高压灭菌锅(Tomy Digital Biology公司,SX-500);核酸电泳仪和紫外切胶仪(北京六一仪器厂,WD-9403F);恒温摇床(上海旻泉仪器有限公司,LPL-24);核酸凝胶成像仪(美国Bio-Rad公司,Gel DocTMXR+)。
1.3 刃天青法测定RIF对MS MC2155的MIC ......
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