西尼罗病毒E蛋白的B细胞表位预测
【摘要】目的:预测西尼罗病毒E蛋白的B 细胞表位。方法:根据西尼罗病毒E蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle 的亲水性方案、Emini 方案和Jameson-Wolf 抗原指数方案,辅以对E蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测西尼罗病毒E蛋白的B 细胞表位。结果:最后推测西尼罗病毒E蛋白的B细胞表位最有可能位于N端第35-42,147-156,191-198,226-249,329-337,375-382区段,另外E蛋白N端第275-284,313-320,396-403区段也可能存在B细胞表位。结论:应用多参数预测E蛋白的B 细胞表位,为进一步研究西尼罗病毒的蛋白特征、研制疫苗和制备单克隆抗体奠定了基础。【关键词】西尼罗病毒;E蛋白;B 细胞表位
【中图分类号】R373.9 【文献标识码】A 【文章编号】2095-6851(2017)06-0-01
1.材料与方法
1.1 西尼罗病毒Chin-01株E蛋白氨基酸序列
根据西尼罗病毒Chin-01株基因序列(Accession Number: AY490240)推导出E蛋白氨基酸序列,共有501个氨基酸残基(图1)。
1.2 西尼罗病毒E蛋白的二级结构预测
采用Garnier-Robson方案、Chou-Fasman方案和Karplus-Schulz方案预测蛋白质的二级结构,各参数的意义参见文献[1]。
1.3 西尼罗病毒E蛋白B细胞表位预测
采用Kyte-Doolittle方案预测西尼罗病毒E蛋白亲水性 ......
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