寻常型银屑病皮损组织全基因组DNA甲基化研究(2)
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在选择含有DMRs片段，并且与细胞凋亡有关的两个基因PDCD5和TIMP2进行验证中。应用在线生物信息预测软件对上述两个基因进行CpG位点的预测，结果显示基因PDCDS5的DMRs片段含5个CpG位点，基因TIMP2 DMRs片段含有16个CpG位点，提示两个基因的启动子区域可能受到DNA甲基化调控。随后应用重亚硫酸氢盐测序技术(BS-seq)对10例寻常型银屑病患者皮损组织、非皮损区皮损组织和10例正常人皮肤组织中全基因组DNA进行测序。结果发现与正常对照组相比基因PDCD5在寻常型银屑病皮损组织中呈现高甲基化状态，非皮损组织甲基化状态在两者之间；与皮损区皮损组织相比，基因TIMP2在寻常型银屑病非皮损组织呈低甲基化状态。BS-seq测序结果和MeDIP-seq测序结果是一致的，说明在测序准确性方面MeDIP-seq测序技术具有良好的表现。并且相关性分析表明基因PDCD5和基因TIMP2甲基化水平与寻常型银屑病患者PASI评分均呈正相关，说明在判断疾病严重程度中DNA甲基化状态可以成为其中的指标之一。
3.寻常型银屑病患者皮损组织和非皮损组织PDCD5和TIMP2基因表达与DNA甲基化相关性分析
为研究寻常型银屑病患者皮损组织和非皮损组织PDCD5(Programmed cell death 5)和TIMP2(tissue inhibitor of metalloproteinase2)基因表达与DNA甲基化相关性分析，张鹏采用Trizol法提取30例寻常型银屑病患者(包括皮损组织和非皮损组织)与20例正常对照者皮肤组织中的RNA，应用Real-timePCR法检测PDCD5和TIMP2的mRNA表达水平 ......
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