朱叶，谭秋凡，巩倩文，胡晓建，陈世豪

    1.温州医科大学附属眼视光医院 屈光手术中心，浙江 温州 325027；2.义乌市妇幼保健院 五官科，浙江 金华 322000

    圆锥角膜(keratoconus，KC)是一种多因素病因的双侧角膜变薄性疾病，以进行性角膜变薄变陡，不规则散光，视力下降，角膜前突为主要表现[1]。已有研究表明，遗传因素在KC发病过程中发挥重要作用[2]。虽然多年来，KC的众多候选基因已被确定，但这些孤立的基因尚不能解释疾病的复杂机制[3]。 目前，微阵列分析作为在基因组水平上获得基因表达数据的一种有前景的工具，已被广泛应用于疾病的分子发生和发展研究中[4]。随着生物信息学技术的发展，基于网络的方法使疾病机制的研究更加深入。SHARIF等[5]利用蛋白相互作用(protein- protein interaction，PPI)网络分析鉴定了EGFR、NEDD4、SNTA1、LGALS3BP、HSPB1、SDC2、Mme和HIF1a等多种网络节点，这些节点被称为关键(Hub)基因(蛋白质)，在维持网络结构和提供生物系统的关键信息方面起着关键作用[6-8]。本研究在网络分析的基础上[9]，进一步使用ClueGO使基因矩阵中最重要的条目在网络中可视化，为观察他们之间的相互关系提供了更加深入的视角，同时从分子水平上进一步了解KC的发生发展，并探索了诊断、预后和药物靶点的潜在候选的生物标志物。

    1 材料和方法

    1.1 微阵列分析数据 从GEO数据库下载GSE77938基因表达谱。GSE77938基于Affymetrix GPL18460 平台(Affymetrix Human，Illumina HiSeq 1500)，由 KABZA等[10]提交。GSE77938数据集包含50个样本，其中有25个KC样本和25个正常对照样本(下载地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE77938)。

    1.2 差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)的数据预处理与鉴定 用R语言(v.3.3.2)对原始微阵列数据进行预处理。基于平台 上的注释信息，将探针IDs转换成相应的基因名。当 多个探针对应于同一基因时 ......