但很多业内人士认为，加大对医院的财政拨付并不是那么简单的事情，中国社科院财贸所研究员杨志勇表示，“如果政府今年要为公立医院破除‘以药养医’机制买单的话，势必要加大医疗卫生投入。”因为取消药品加成后，财政对试点城市公立医院由此产生的亏损需要加大投入，而这笔投入十分巨大，即使今年按照2011年医疗卫生总投入的增长比例继续增长，也很难满足公立医院的需要。甚至有专家指出，目前财政投入的增幅已达到年均三成，如果想要完全覆盖15%的医药加成，势必会更多，甚至达到60%、70%的增幅，显然难以实现。因此在财政投入难以出现大规模攀升的情况下如何祛除药品加成这一“毒瘤”，或将成为医改第二阶段最重的难题之一。

    也有不少专家提出了不同看法，国务院医改专家咨询委员会委员、北大光华管理学院教授刘国恩认为：“如果其他方面不进行配套改革，特别是公立医院从组织、结构、管理、经营和性质方面不改变的话，在中国当前发展阶段，财政、编制、医保等各种传统行政手段还对公立医院进行约束的前提下 ......